賴清德

競選造勢時的賴清德，攝於2010年

2009年1月21日，民主進步黨第13屆第五次中執會正式通過由賴代表參選2009年台南市長選舉。[22]俄而逢大臺南市縣合併，改制為直轄市一案通過，於民主進步黨「臺南市長黨內民意調查」順利出線，確定代表該黨出征2010年改制後大臺南市長選舉[23]，賴清德旋即宣布投入第一屆臺南直轄市長黨內初選。

競選期間，有民眾在賴清德競選總部前抗議賴清德曾經幫性侵嫌犯申請國賠。[24]對手陣營國民黨郭添財以此大作文章[25]，賴總部因此提告，最後郭添財承認引用錯誤資料，向賴清德致歉，賴也撤回告訴，雙方和解。[26]

2010年11月27日，賴以61萬9897票、60.41%的得票率成功當選改制直轄市後的第一屆臺南市市長。[27]

2010年臺南市市長選舉結果
號次	候選人	政黨	得票數	得票率	當選標記
1	郭添財	中國國民黨	406,196票	39.59%
2	賴清德	民主進步黨	619,897票	60.41%
選舉日期		2010年11月27日	選舉人數	1,467,256人
投票率		71.01%	投票人數	有效：1,026,093人 無效：15,848人

[28]

其上任伊始，妻吳玫如原在臺電臺南區營業處上班，為迴避因其夫新職可能帶來的誤解，請調高雄。[29]又，當時五都直轄市長首次列席行政院院會，僅賴清德因無配置專屬座車與司機，而自行以計程車及步行方式入場。[30]

賴清德任內主張刪除所謂「民代工程配合款」陋習，而與吳健保及曾順良等多位議員爆發嚴重衝突，使臺南市議會陷入僵局。[31]不過此舉獲得國民黨執政的馬英九政府贊同，名嘴李濤夫婦也都支持賴當時的作為。[32]

2012年《天下雜誌》幸福城市調查的縣市長滿意度部分，賴清德身為臺南市長，排名全國第1。[33]惟雖受市民及傳媒評比為「五星級」市長，但因市府人事更迭頻繁、府會關係不睦，議會在野陣營認為其陷入「領導危機」，甚至有議員稱，市政發展「令人憂心忡忡」。[34]2015年TVBS所做民調中，因登革熱疫情影響，賴清德滿意度降至39%。[35]

民主進步黨於2012年總統選舉敗選後，第14屆黨主席蔡英文宣布辭去黨主席一職以示負責，賴清德為來屆黨主席呼聲最高的人選之一。其既為時任臺南市市長，與高雄市市長陳菊同為民主進步黨層級最高的公職人員，也是中央政府行政院院會「當然列席人員」。惟後來是由高雄市長陳菊代理，賴清德也並未競選下屆黨主席，而由前行政院長蘇貞昌以過半票數出線。

日本台灣交流協會台北事務所樽井澄夫代表拜會賴市長

2011年日本東北地方太平洋近海地震（矩震級9.0, 所釋放能量約為矩震級7.6之1999年南投集集921大地震的126倍）於3月11日發生，震央就在臺南市的姊妹市仙台市的外海，臺南市政府除派出五名救難人員前往參與救災，並發起「關懷友誼希望－送愛到仙台」募款晚會。市長賴清德和議長賴美惠等於4月22日訪日三天，會見宮城縣副知事若生正博，並代表187萬市民捐贈日幣一億零七十七萬餘元的善款，由仙台市長奧山美惠子代表接受。臺南市之後邀請田地因海嘯侵襲而無法耕作的日本農民至台南進行農業交流。[36][37]

2016年高雄美濃地震造成臺南市受災嚴重後，日本中央與地方政府與民間亦提供支援。[38][39][40]

2014年九合一選舉，賴清德參選尋求連任。其以「清廉勤政、傳承創新」為競選主軸，稱自己要打一場進步、負責任、正面的選戰，其中進步的選戰包括「不設競選總部」、「不立看板」、「不插旗幟」、「不用宣傳車」及「市政不中斷」等策略。當時，臺北市市長候選人柯文哲同為原先從醫而參選，民間也稱賴清德與後者為「南仁醫、北怪醫」。

台南市長選舉得票分布。

2014年11月29日投票結果，賴清德以得票71萬1557張、六都最高72.9%的高得票率創下台南市紀錄，順利連任；此得票率更是台灣自1987年解嚴後的歷次縣市長、直轄市長選舉結果中最高者。 [41][42]賴清德曾表示，若競選台南市長連任成功，將做滿4年任期。[43]惟其當選之後並未遵守此諾言（#行政院長參照）。[44]

2014年臺南市市長選舉結果
號次	候選人	政黨	得票數	得票率	當選標記
1	賴清德	民主進步黨	711,557票	72.90%
2	黃秀霜	中國國民黨	264,536票	27.10%
選舉日期		2014年11月29日	選舉人數	1,512,778人
投票率		65.88%	投票人數	有效：976,093人 無效：20,595人

[45]

2011年七夕，賴清德宣布市府活動以「愛情城市」為主軸，當地民俗活動「做十六歲成年禮」活動則不若以往受重視。隔年大批日本媒體來台南採訪「做十六歲成年禮」時才恢復往年重視程度。[46][47]

總統蔡英文與時任市長賴清德、時任副市長顏純左等臺南市府同仁同試騎T-Bike

2014年12月25日舉行市議會正副議長選舉，臺南市議員57席中，民進黨有29席、國民黨16席、無黨籍11席、台聯1席，綠營實質過半，控制市議會的民進黨推舉的人選理應成為議長，但此屆議長選舉的結果卻由中國國民黨籍的李全教當選，讓賴清德質疑李氏賄選，並批評少數民進黨成員接受賄賂[48]。

2015年1月15日，市議會召開第一次臨時會，為抗議賄選案，賴清德與市府官員全員缺席。有國民黨籍市議員批評：「由台南市民高票選出的政府首長卻因議長的司法個別案件，率性而為不理市政」；兩次臨時會都只有國民黨籍市議員出席，且出席的議員們皆指責市府藐視法治，甚至有議員建議李全教與賴清德雙雙請辭謝罪[49]。李全教則指責賴清德是一個「民主笑話」。[50][51][52]

2015年1月27日、2月5日，第二次臨時會召開，市長賴清德與市府官員仍然全員缺席。李全教表示，若賴再繼續缺席就要請監察院調查，然而賴尚未被調查前，李全教卻於2月10日被台南地方法院因賄選裁定收押。不過賴清德表示，收押只是剛開始調查並不代表案子結案，因此仍不進議會。[53][54]

4月8日，身兼中國國民黨台南市黨部主委的議員謝龍介表示，黨團十六位議員會立場一致：賴清德不進議會是違法；議員不開會也是違法。民進黨黨團總召林志聰表示，站在議員立場，他認為賴清德應該進議會，但這次定期大會沒有重要審查，市長不進議會並不影響市政推動。無黨籍議員林阳乙則說，李既已被起訴，就該司法歸司法、政治歸政治，賴市長應進議會。[55]22日，第二屆第一次定期大會召開，賴清德與市府官員依舊全員缺席，導致府會決裂，迫使台南市議會就此無限期停會。[56]

6月17日，賴清德改口表示，如果李全教願意向大眾道歉，且不再干預司法審判，他願進入議會報告、備詢。[57]

7月7日，台南市議會進行市政總質詢，賴清德及市府一級主管均缺席，未進議會，屬中華民國地方自治史上首例。[58]

8月4日，監察院以7票對2票，通過監委仉桂美、包宗和提案，列舉五大違失，指賴清德首開地方自治史「官員集體不進議會」惡例，動搖民主社會基本核心價值而彈劾賴清德。仉桂美批評賴清德「雖然賴市長民調很高，但聖人無法治國」。[59]賴清德下午4時出面回應，表達無法接受，質疑監察院違憲擴權、並向監院提出3點質疑，要求監察院向社會說明，並向市民承諾一樣不會進議會。[60]

民進黨全黨力挺賴清德不進議會備詢，甚至要修改《地制法》，名嘴黃智賢於臉書發文〈今天的賴清德，明天的蔡英文──民主早已結束〉，列舉8點，抨擊賴清德變成「無法制裁的土皇帝」。[61]

2015年8月19日，台南市登革熱疫情逐漸升溫，在全國近2周新增的493例病例中，台南市就佔了427例，甚至已有2起死亡案例。李全教召開記者會，痛批賴清德及主管，並二度拍桌大罵，要求賴清德快進議會。[62]28日，232天未踏進市議會的賴清德上午召開記者會，宣稱「『掃除黑金』已看見曙光」，於該屆市議會第二次定期大會議會開議前2分鐘踏入台南市議會備詢。[63]

2016年，李全教因市議員及議長選舉雙重賄選案遭高等法院判處當選無效定讞而喪失資格。[64][65]其後原民進黨議長賴美惠奪回議長寶座。

2015年7月8日下午台南市議員陳怡珍指出：台南市與桃園市是6都中勞工局沒有成立專職勞檢單位(勞動檢查處)的2個直轄市，質疑勞檢效率。[66]

2015年7月9日臺南市勞工局表示：台南市目前勞動檢查業務是由勞動條件科來承辦相關業務，共計增聘共有20名力軍(2014年招聘17人，2015年5月招聘3人)。至2015年7月初止台南市檢査次數為1525次。南市目標達成率高達51.1%，是六都中勞檢率第二名。[67]

2016年11月22日台南市長賴清德參加成功大學領袖通識論壇，與會學生問及勞檢相關問題，詢問台南市政府的勞檢工作能不能向台北市看齊？有網友在PTT發文稱賴清德回覆「要讓年輕人留在台南確實要先建立好的工作環境，但是對中小企業勞檢會造成民怨。」2016年11月23日 下午05:42 台南市政府的市政新聞急速回應：PTT網友扭曲賴市長成大談話，賴清德是說：「但這兩年來，我們積極勞檢，也有相當成效。甚至在和中小企業業者座談時，常被說『勞檢過多會造成民怨。』」「市府嚴正聲明，賴市長多次強調，保障年輕工作者條件是我們的責任。」[68][69][70]

停管處指出多數都由勞資雙方協商利用暫停收費的大型民俗節日（如元旦、農曆春節、清明節、中秋節等）開會，工會幹部發動收費同仁以同日休假方式參與會員大會。先前二次工會會員大會均於停管處南門路廳舍室內舉辦，該處從未拒絕或駁回場地借用，此次工會幹部擇定在戶外辦理會員大會，該處表示遺憾。停車處還每2年就提供1套冬季制服、3套夏季制服，工作鞋則每年換發新鞋，樣式、材質、數量均由員工票選決定。[71]

臺南市政府自民國100年辦理百家好店徵選，至民國104年共有1547家參與此活動，選拔出527家百家好店及130家金讚百家好店。呷甜甜冰品鍋燒專賣店曾經榮獲台南市長賴清德親頒「百家好店」，卻因「成本的關係，不能給符合勞基法的薪資」。2016年10月至12月呷甜甜維持每小時120元的待遇(基本工資126元)。老闆(準博士王家堃)、老闆娘(婦產科醫師)表示：「店收入有虧損，幾乎是賠錢經營。呷甜甜後因壓力po文道歉，2017年1月開始薪資調整成133元(基本工資)，也準備歸還由員工身上違法竊取的基本工資。」[72]

2012年8月24日天秤颱風來襲，賴清德清晨以成大防災研究中心提供的氣象資料決定不放颱風假。台灣本島在台中以南的直轄市和縣市僅台南市不放假。雖此決定遭民眾批評，惟後來臺南市的確風雨不大，網友遂稱賴清德「賴神」。[73][74][75][76]

不過，2016年9月14日莫蘭蒂颱風來襲，時任台南市長的賴清德宣布僅下午停班停課。此情形致全市24人受傷，其中一名民眾13點多下班返家時，遇上強風大雨，行經健康三路機車被吹倒，多處擦傷，抱著路樹擋風40分鐘，直到救護車前來救援。晚間一名機車騎士經南門路、建業街口時，因狂風暴雨沒注意電線遭吹落，被電線勒住脖子摔倒在地，當場吐血。次日，民眾在公共政策網路參與平台提案：由中央規定，颱風假統一放整天，不放半天。[77]

同月梅姬颱風影響臺灣期間，台南市10萬餘戶用戶停電，多處道路、橋樑封閉，市公車提早停駛，且有6位民眾受傷。[78]賴清德領導的台南市基於市民安全、「城市競爭力」[79][80]等因素，與高雄市、雲林縣、嘉義縣、嘉義市等五縣市共同決定9月27日僅下午停班停課（半天假），民眾批評此決策，認為不便。五縣市首長為此道歉，但民怨未平。當時台灣社會流傳一張賴清德颱風天問候小女學童的照片，評價正反不一，一些民眾譏諷為「賴神勸童」。[81][82][83][84]28日，上述「禁放半天假」提案達五千人連署門檻，中央相關權責機關行政院人事行政總處回應表示，相關規則不改，但後續放假以全天為原則[85]。

2017年7月底，海棠颱風侵臺。該月30日21時，台南市政府宣布次日正常上班上課，另附但書「因明上午6時至8時之間可能仍有較大雨量，請各機關、公司如有員工因雨遲到情形，予以彈性處理不計入遲到。」此話引起民眾批評賴清德是在講「幹話」，是幹話王。[86][87][88]翌日早上6點25分台南市政府緊急宣布，因清晨4點起大雨不斷、多處嚴重淹水，該日全天停止上班上課。[89][90]

中午，賴清德表示：原先不放假係根據中央氣象局所提供資料。中央氣象局預報中心主任呂國臣卻稱7月30日19時已提供予南市府資料，平地「大豪雨」（24小時累積雨量超過350毫米）等級，山區預估300至500毫米。[91][92]同時，賴清德亦稱「仁德工業區……清晨5點以前還沒有積淹水，而是在6點大雨過後才淹水，可見到治水成效。」[93][94][95]惟次日仁德工業區廠商協進會卻表示早上5時就已經淹水，6時早已淹成小溪。[96]而海棠颱風造成台灣各處淹水情形，至31日12時仍有202處未退，臺南市就佔了150處。[97][98]

2017年9月8日就任行政院長，9月11日在交通部長賀陳旦陪同下督導氣象局，賴清德指出氣象局的預報資料是地方政府防颱唯一參考的依據，預報內容一定要即時、準確，雨量以多報少或以少報多，都會有問題，並造成不便，這是他過去在地方的經驗，也是對氣象局的期待。[99][100][101]

2017年8月1日，台南市長賴清德上午參加台南市106學年度中小學暨幼兒園校長園長交接典禮，旺旺中時媒體集團1名電視台女記者提問台南市砸了重金253億去治水，被賴清德質疑數字從何處來。[102]

由於2013年8月經濟部水利署曾經表示，預計到2013年底，793.15億、執行率95％之治水計畫執行總額主要分配於彰化以南6個縣市，尤以台南市被分配金額169.6億元最多，占總金額21％[103]；四年後台南市政府水利局又指出該市總計已投入253.4億治水經費治水，遭民眾質疑其治水效率。[104][105]

面對2015年夏季發生的登革熱疫情，賴清德於8月28日在市議會做施政報告時表示他「要負最大責任」。國民黨、無黨籍議員反映基層缺錢、缺工，里長得自行湊錢買藥，卻沒錢找工人噴藥，市府防疫標準作業程序出錯；賴清德當時回應說防疫經費充足，但未經規畫的噴藥恐讓蚊子產生抗藥性，會檢討改進。議長李全教最後決議由副議長郭信良組機動登革熱小組，若市府有需要，可直接聯絡小組變更議程，議會會以最快速度回應。[106]

2016年高雄美濃地震發生於2016年2月6日上午3時57分，芮氏規模6.6，震央位於高雄市美濃區，美國地質調查局指出，震央雖位於高雄美濃附近，但震央附近的災害並不大，反而是鄰近的臺南市受到比較嚴重的損害，116人死亡，其中114人是位於永康區的維冠金龍大樓住戶，台南市消防局提供的資料顯示，此次地震是臺灣地區繼1999年9月21日凌晨1時47分的921大地震後，最嚴重傷亡的一次地震，賴清德稱已對該建築物提起司法調查。[107]

2017年9月12日，賴清德剛上任就宣布隔年起軍公教加薪3%，表示給軍公教加薪，除了鼓舞其士氣，也可「呼應工商企業界的要求」，大家一起加薪帶動整體經濟發展。[116][117]然而加薪所需額外經費，一年份要240億元。以第一年而言，中央負擔180億元，其餘60億元由地方政府負擔。加薪240億元當中，已退休者占約100億元，現職人員約140億元，納稅人每年要多花240億元養軍公教。[118]因前任院長林全才說軍公教明年不加薪，賴清德剛就任就翻案，許多地方政府不滿沒預算。[119]主計處表示，軍公教調薪與企業加薪可能有正向關係，但由於企業加薪會考量許多因素，這次能否帶動還有待觀察，以近2次軍公教調薪的情況而言，在2005年會參考軍公教調薪的企業家數比重為8.3%、2011年為14.3%，民國90年以後，企業加薪主要還是觀察景氣，參考軍公教調薪並非主要因素。[120][121]

2017年10月13日，時代力量立委徐永明要求政府應編捕蜂捉蛇的常態預算給農政單位，讓消防人員不必再捕蜂捉蛇。賴清德說：「捕蜂捉蛇是作功德的事情，消防隊員其實可以幫忙」[122]2011台東縣消防局隊員李光先因摘蜂巢被虎頭蜂螫傷致死不幸意外，依法不算「因公殉職」。2012年萬丹消防分隊小隊長陳慶財，為民捕蛇後返隊途中遭酒駕撞死，也非「因公殉職」。銓敘部僅認定為「因公死亡」，理由是「補蜂抓蛇」並非消防員司本職。[123]「因公殉職」撫恤金最高約2千萬，「因公死亡」撫恤金約1千4百萬。[124]

2017年10月25日，賴清德在表揚年度行政院模範公務人員時表示：「公務人員是上帝的選民」（意即公務人員是上帝挑選出來的人），離幸福最接近，因為薪資穩定，加薪3趴就加薪3趴，有職級可升等，退休後也有一套完備制度，所以是最穩定的一群，也是最接近幸福的一群，是上帝的選民，所以要珍惜。[125][126]2018年8月10日，賴清德出席行政院親子日活動，又再一次表示：「公務人員是上帝的選民」。[127]

賴清德與曾任高雄市長、前任行政院長的時任國民黨主席 吳敦義關係良好，上任閣揆後即拜會吳敦義。賴清德與馬英九關係也不差。賴清德接受《鏡週刊》專訪時提到他擔任台南市長時取消小型工程款和議員對槓，馬英九為此事送他「堅百忍以圖成」6個字勉勵。賴清德表示：「馬英九能當到台北市長、總統一定有他過人之處，令人肯定與支持的地方，不因為不同政黨就否定。」[128]

2017年10月10日，國慶典禮，賴清德與中國國民黨主席吳敦義兩人座位相鄰，不時交談、互動熱絡。吳敦義受訪時表示，賴清德跟他說接行政院長後，希望能去看他，而吳敦義說，那時立法院有質詢，碰面會比較麻煩一點，認為應緩一緩，而賴清德則表示希望越快越好。[129][130]

2017年11月3日，賴清德特地前往吳敦義辦公室進行拜會，吳敦義在電梯門口迎接賴清德，兩人手牽手一同走進辦公室，展現好感情，會後互相肯定對方。賴清德感謝吳敦義在行政院長任內對台南市政的支持，吳敦義則稱讚賴清德一例一休是「勞資重建和諧互助、共創雙贏」，並表示雖然他們兩人不同黨籍，但希望台灣、中華民國好，希望兩岸和平穩定發展，對照顧民眾，建設經濟繁榮公道均富的社會，都有共同理念，吳敦義重申感謝賴清德客氣，祝福他施政成功。[131]

賴清德就任行政院長後表示，對於一例一休的問題行政院要有態度，承諾提出修法版本，在行政院與立法院民進黨團已達成修法共識，鬆綁現行「七休一」的規定，未來連續上班天數上限不再是六天，只要勞工同意在休息日出勤，「最多可連上十二天班」。[132]

一例一休再次修法後，「加班工時上限從現行46小時提高到54小時」，7休1部分老闆可以讓例假在每7日周期內調整，「輪班間隔休息11小時調整為8小時」。當年度特休假未休完則企業給付工資，改為「特休假遞延」到下年度使用，遞延後特休假仍未休完，企業才給付工資。[133][134]

由於賴清德指出照顧服務員（照服員）月薪雖然只有新台幣三萬元，與工作實質內容相比好像不划算，勉勵照服員「做功德」、一種「做善事的行為」；也曾說過消防隊隊員為民眾捕蜂捉蛇，是屬於「做功德」，青年團體認為這都是剝削勞動者的表現，並導致「做功德」一詞成為反諷的用語。

而後在勞基法修法事件時，「賴清德」被青年團體消遣為「賴功德」[135]，甚至行政院附近地下道、台北車站捷運出口、公車站等站名與指標，於2017年11月30日晚間陸續遭到青年團體全面以貼紙補丁方式更名為「功德院」（Merit Yuan），引發民進黨與社會兩極反應：支持賴清德修法者如民進黨立委等，認為言論自由應該尊重，但也應肯定賴清德修勞基法的用心[136]；年輕網友則覺得此行為非常有趣，紛紛嘲諷「感恩賴神，讚嘆賴神，讓台北街頭出現『功德院』這樣的世界奇觀」[137] 、「賴清德業力引爆」[138]等等。賴清德本人表示對「功德院」事件的想法「這是年輕人的創意，我不以為意。」[139]發起運動的青年團體對賴的回應表示「發起『功德院長長久久正名行動』，絕對不是行政院長賴清德所說的『創意』，而是表達政府對勞工冷血的憤怒」，他們表示抗議行動不會停止。[140]

青年團體表示，對於正在受苦的人來說，「功德論」讓他將正在承受的不幸歸因於自身，降低了他以底層人民的身分出來翻轉社會的可能，並指出蔡賴政府面對勞工問題時不去從制度面上找尋解決對策，反而要求遭受不公待遇的勞方「做功德」，為「本末倒置」。掌握國家資源分配權力的賴清德不斷以「功德論」敷衍地回應特定族群所處不公平的勞動現況，暴露出對於台灣社會日益擴大的階級矛盾與貧富差距的輕視心態，還提出完全向資方傾斜的勞基法修正案，顯示行政院已和資方站在一起，對勞動階級壓迫，甚至違反執政前對勞工的競選承諾，對青年勞動者來說，絕對是最嚴重的壓迫。[141]「功德院」補丁已經於隔天全數被清除，台北市政府發表譴責，台北捷運公司與台北市政府公運處研擬對貼補釘者，屬於濫丟廢棄物，應處以行政罰。[142][143][144]查到三名社運成員，依《大眾捷運法》各處1500元罰鍰。[145]

2017年12月27日，賴清德表示，為因應少子化問題，輸入勞動人口，將訂定新移民法規，將移民政策獨立立法[146][147][148]。

在「攬才」上，將持續優化外人來台就業環境，並修正吸引新創人才，這些人才在台灣工作一段時間後，符合條件可以給予永久居留權，若符合其他條件，也可成為國民。賴清德11月曾表示，談「攬才」不可能不談移民政策，下一階段將討論友善移民環境；賴清德院長所屬政務委員林萬億也表明，未來要處理計畫型勞動移民，從新南向各國開始，把東南亞國家當成起始點[149]。有官員建議，要訂定專法前，應要先形成移民政策，日本、南韓、新加坡等國對婚姻移民（即婚後居留本國的外籍配偶）相當保守，現在全球移民約有兩億人，其中九成是婚姻移民、僅一成約兩千萬人是具有競爭力的經濟移民。[150]

2018年6月，由於香蕉盛產價格崩盤，賴清德為了拯救蕉農，10日在臉書分享香蕉吃法「生香蕉可帶皮水煮，並可搭配醬油、大蒜，養生又美味」，引來網民調侃。[151]。新聞記者特地向兩名營養師諮詢，兩名營養師皆不認同這種吃法[152]。

2018年7月蔡英文政府政務委員張景森實地走訪高雄表示將以在陳水扁政府以10個月的時間推動中部科學園區計畫的速度推動「高雄第二科學園區」，積極協助高雄產業轉型。[153][154]

為了協助高雄產業轉型，2018年行政院長賴清德於行政院會中指示，將高雄新市鎮開發為科學園區，並要求用「最快速」辦理。政務委員張景森指示科技部，依照過往推動中科的經驗，推動初期每半個月召開一次會議、之後一個月開一次會，以打破中科從決策到廠商動工僅花10個月的速度為目標。[154]

橋頭科學園區預計占地436公頃，其中267公頃為產業用地。[155]

2018年4月30日，賴清德在表揚全國51位模範勞工時說，去年全國勞工平均收入已達4萬9989元的歷史新高，引發網友熱議。[156]

2018年8月6日，賴清德在受訪時表示，國人2017年每人每月總薪資大概4.8萬元，這當中包括月薪及分紅等名目加總，4.8萬元是一個經濟指標，勞工在和資方談薪水時，可以有根據的要求說「你給的薪水太低了」，沒想到這句話引起軒然大波，不只藍營砲轟，連網友留言也酸言酸語。

行政院主計總處公布5月總薪資平均近4.8萬元，行政院長賴清德解釋這個數字是「平均」，必然會有一半的人未達到。不過，前台南縣長蘇煥智表示，平均薪資不是中位數，可能有八成以上的人未達此數字，月薪的中位數更可能落在3.5萬元，表示賴清德不應用平均薪資誤導中位數的概念。[157][158]

先前賴清德在表揚全國模範勞工時表示去年全國勞工平均月收入4萬9989元，台灣勞動黨對此表示，若引用主計總處的「薪情平台」網站試算，全台將近70％受僱員工的總薪資不到這個數字，猶如班級導師因班上有「少數」身高超過200公分的巨人學生，就說全班學生平均身高在180公分以上，批評賴清德太樂觀。[159][160]

關於賴清德的說法，台灣勞工陣線協會秘書長孫友聯認為，必須更細緻去分析和觀察這個數字所代表的意義，才不會對苦難中的人視而不見。除了「平均薪資」外，也應關注多少人在平均薪資以下，根據主計處歷年的統計估算，「低於平均薪資的勞工大約佔所有勞工的70%左右」，突顯民眾感受較一致的低薪普偏化問題。另外一點則是「薪資中位數」，薪資中位數是將受僱者薪資依高低排序後，排名居最中間者即薪資中位數，代表受雇者一半比他低，一半比他高，「中位數」較貼近民眾的感受，也較「平均數」來得相對精準和清楚明瞭。[161]

2019年3月18日，賴清德正式宣布參選2020年中華民國總統選舉[162]及民主進步黨黨內初選[163]。

2019年6月10日起，民進黨進行電話民調。6月13日，民進黨公佈蔡英文以35.6768%支持率勝過賴清德27.4843%，兩人差距8.2%，確定由蔡英文代表民進黨出征2020年中華民國總統選舉[164]。

2019年11月17日，民進黨總統候選人蔡英文宣布前行政院院長賴清德擔任副手搭檔，2020年1月11日，正式當選副總統，於同年5月20日宣誓就職。也是繼呂秀蓮卸任後，第二位民進黨籍副總統。

2020年第15任總統暨副總統選舉[165]
號次	候選人	性別	推薦政黨	得票數	得票率	當選標記
1	宋楚瑜、余湘	男、女	親民黨	608,590	4.26%
2	韓國瑜、張善政	男、男	中國國民黨	5,522,119	38.61%
3	蔡英文、賴清德	女、男	民主進步黨	8,170,231	57.13%

賴清德在台南市長任內表示，1990年的野百合學運中有四位學運代表先後擔任臺南市議員，太陽花學運領袖林飛帆也是臺南人，見證了臺南多元、自由、民主的風氣。[166]

賴清德市長赴陸軍航空特戰指揮部勞軍

英國在台辦事處胡克定代表拜會賴市長

賴清德主張臺灣獨立，制定新憲法[167]，但反對與中國大陸進行軍事對抗。2014年訪問上海時表示：臺獨是民進黨的主張，尊重臺灣人民的自決，這也是臺灣社會共識，即使凍結「台獨黨綱」，也不會放棄主張獨立，但同时也表示臺灣社會對臺海兩岸發展的疑慮愈來愈深原因在於中國大陸只聽到臺灣單一的聲音。因此民進黨在進行對中國大陸政策檢討時決議應積極執行參與兩岸交流。[168]臺灣本土深綠社團對於其主張給予高度肯定。[169]

周子瑜事件發生時，賴清德表示「台獨份子有自己的國旗，拿青天白日滿地紅的旗子，不是台獨份子」[170]。

2017年6月5日，賴清德在台南市議會答詢時說自己「親中愛台」，和台中市長林佳龍的「知中」、台北市長柯文哲的「友中」、桃園市長鄭文燦的「和中」，以及高雄市長陳菊的「和平發展」理念一樣[171][172]，部分獨派表示不滿[173][174]，並有議員聲稱賴清德的立場反覆[175][176]

2017年6月23日，賴清德宣示其「主張台灣獨立的立場沒有任何改變」，又主張「親中愛台」[177][178]，藍營、綠營及中國大陸皆有人質疑賴清德的言論互相矛盾[179][180][181]。

2017年9月26日，時任行政院院長的他在立法院公開答詢時自稱「主張台灣獨立的政治工作者」，是首位在任期內於立法院公開主張臺灣獨立的行政院長。[182]

2017年10月，有立委詢問賴清德是否願意拿著國旗完整唱完國歌？賴清德表示，拿國旗、唱完整國歌「沒有問題」[183]。賴清德也表示「台灣是個主權獨立國家，名字叫中華民國」、「希望任何國家都應該要正視中華民國存在的事實」[184]。

2018年2月，赖清德发表有关台湾旅行法以及国台办31条对台优惠措施[185]的言论也引发中国大陆媒体不悦[186]。

2018年3月30日，賴清德於立法院重申自己是「台獨工作者」[187]。

2019年3月21日，參加民進黨2020年中華民國總統選舉黨內初選的賴清德在臉書指出，台灣已經是個主權獨立的國家，名字叫中華民國，不必另外宣布台灣獨立[188]。

在傳統獨派眼中，賴清德的說法不是台獨，而是「華獨」。[189][190][191][192]

賴清德於2013年11月表示，與其同黨之前的總統陳水扁涉入的陳水扁家庭密帳案審判不公，又陳水扁身體不佳，應使之保外就醫。[193]2014年8月6日特偵組宣佈該案的確查無不法實據並簽結，惟陳水扁仍因其他案件入獄。對此，賴在2014年11月稱釋放阿扁「有助於緩和朝野氛圍」[194]。

2015年臺南市的和平紀念日活動上，時任該市市長的賴清德表示要移除臺南市政府所屬的各中、小學校園內已故總統蔣中正[lower-alpha 1]的銅像，移至桃園兩蔣園區展出。中國國民黨民意代表認為賴清德的行為是隱含「專制意識形態」的去蔣化、不尊重臺灣歷史，且為行政權的霸凌；民主進步黨籍民意代表則認同其行為，並認為這是「轉型正義」。

賴清德事後表示，學校適合較有紀念意義的圖騰，如教育界先賢孔子、海倫·凱勒等人的銅像，而非政治圖騰。

2017年升任行政院長後，賴清德表示不會要求國防部[lower-alpha 2]、退輔會等與蔣中正關係較為特殊的中央部會移除其所屬機關蔣中正銅像。[195]

2015年2月，時任台南市長的賴清德指出，立法院通過菸品健康福利捐，酒跟菸一樣造成身體危害，包括胃潰瘍、肝臟及精神衍生的社會問題，賴清德支持酒跟菸兩者相提並論，贊同酒類增設健康捐，並表示知名藝人不應代言酒類廣告，讓政府防止酒駕宣導更為順利。他也拿林依晨為例，認為大家都應該以她為榜樣，避免年輕人買不起房，而拒絕接房地產廣告（但林依晨實際上也代言過酒類廣告）。其看法引發輿論極大討論。 [196] [197]

2016年7月7日，國民黨議員王家貞、蔡育輝與洪玉鳳抨擊賴清德：中央招商、地方配合的日本菸商《日菸國際製造股份有限公司》於2015年正式在台南設置國際香菸工廠，每年可在台灣生產7.6億包香菸，要求台南市經發局發文給經濟部表達台南市議會反對立場。

台南市經發局指出：《日菸國際製造股份有限公司》是在馬英九政府任內，由經濟部國際招商引進台灣，在安南區的台南科技工業區內建立7.6公頃的廠房，廠址屬經濟部所有，地方政府並無法條限制設廠。[198][199]

2018年3月，深澳發電廠擴建案，引起鄰近縣市反對，新北市政府將拒發燃煤許可。新北市環保局指出，深澳電廠運轉後，九份及金瓜石的PM2.5濃度從平地的0.2，上升至1。賴清德則表示，深澳電廠用的煤是「乾淨的煤」。[200]

賴清德於卸任閣揆時表示，過去民進黨執政，要開放美豬、美牛，國民黨反對；但當國民黨執政，變成在野的民進黨反對，過去他在國會，他難辭其咎，要跟社會道歉，但他語重心長呼籲，應該要建立國家利益至上的政黨文化。[201]