牡丹社事件

琉球王國自明朝起為中國的藩屬國，其國王接受中國之冊封，獲准朝貢貿易的次數為藩屬國中之最。由於中國長期拒絕日本進行貿易，琉球居間進行「中國絲綢—日本白銀」轉口貿易獲得巨大利益，因此引起日本覬覦。

日本薩摩藩在關原之戰後，因財政困難、局勢不穩，加上欲以海外之功向江户幕府輸誠，遂有兼併琉球之舉。1609年，薩摩派遣將近三千名兵力，攻入琉球王都首里城，但德川幕府命令薩摩藩保留琉球王室，以便利用琉球對中國貿易。然而琉球王國自此喪失獨立自主性，亦受薩摩藩支配，奄美群島也被薩摩藩佔領。自此琉球處於「中日（薩）兩屬」狀態，一方面接受中國冊封並進行朝貢貿易，同時國政受到薩摩藩的控制[5]。

1867年王政復古，幕府將軍德川慶喜被迫上表「大政奉還」，江戶時代結束。隨後的明治維新過程中，大量武士（維新時改稱「士族」）失業，造成極大的社會問題[6]。於是西鄉隆盛等人提出「征韓論」，主張以海外擴張來解決內政問題。但征討朝鮮半島在外交上困難較大，未獲得日本內閣多數閣員支持，最後造成參議西鄉隆盛等征韓派官員下野。日本朝廷為了安撫士族情緒，遂有出兵台灣之議[7][8]。

也有學者認為，日本政府「出兵台灣」並非僅為了緩和士族對內政的不滿，而是對台灣的經濟價值與戰略地位有很清楚的認識，「不能將掠奪台灣資源，或侵佔領土的動機矮小化。」[9]

法國人所繪清廷實際控制區域（土牛界線以西）

1871年（明治4年，同治10年）10月18日[10] 一艘琉球國宮古島向那霸上繳年貢的山原號[11]， 回航時遭遇颱風，漂流至台灣東南部八瑤灣（即今之九棚灣），船上69名乘客溺死3人，有66人登陸。幾天後遇上排灣族高士佛社原住民，被高士佛社人好心收留，但因雙方語言不通及文化差異，讓琉球人因害怕而偷偷跑離高士佛社，高士佛社族人打完獵後回部落時卻發現琉球人已消失不見，這對高士佛社族人是非常沒有禮貌的，趕緊追了過去詢問，雙方因語言不合而起了爭吵[12]，排灣族害怕琉球人知道部落的位置後會派兵攻打部落，将其殺害，54人慘遭「出草」[10]，死者包括琉球豪族仲宗根豐見親（忠導氏玄雅）十四世孫忠導氏玄安，逃過一劫的其餘12人則在當地漢人楊友旺、楊阿才營救下前往台灣府，由清政府官員安排轉往福州琉球館[10]，乘船歸國[13][14]。史稱八瑤灣事件 [15]。此類事件在當時不時發生，按慣例皆由中國政府撫卹並送回琉球王國，與日本政府無涉。

但日方於1871年日本明治政府「廢藩置縣」時，薩摩藩改為鹿兒島縣，原本為薩摩藩屬的琉球王國被改隸於鹿兒島縣，1872年日本政府單方廢止琉球王國，設置「琉球藩」，1873年日本政府外務卿副島種臣向清朝總理衙門提起此事時，大臣毛昶熙答覆：「二島（琉球與台灣）俱我屬土，屬土之人相殺，裁次固在於我，我恤琉人，自有措置，何預貴國事，而煩為過問？」日本拿出被害者中有四位小田縣（今日本岡山縣小田郡）漁民的證據，又追問「貴國既然已知撫卹琉球民，為何不懲辦台番？」，毛以殺人者為置之化外的生番來回應，副島便言：「生番害人，貴國置之不理，我國有必要問罪島人，因與貴國盟好，特先來奉告」，毛昶熙回答：「（台灣）生番係我化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。」日方便向「無主番界」出兵[16]。

日本以陸軍中將西鄉從道（西鄉隆盛之弟）為「蕃地事務局都督」，向英、美等國租用輪船，僱用美國軍事顧問李仙得（C. W. Le Gendre，又名李讓禮），準備對臺灣出兵[17]，並事先派遣樺山資紀、水野遵來台調查。

但在出兵前夕，英美等國卻轉變態度表示反對，聲明中立並拒絕租借船艦給日軍。日本政府迫於外交壓力決定停止此次行動，大久保利通並親自到長崎下令罷兵。但西鄉從道以「已經準備妥當」為由拒不受命，斷然率領三千六百名官兵前往台灣[18]，這也成為日後日本軍國主義軍官在戰場上獨斷獨行的濫觴，充分表現出日本軍國主義的一個原型（prototype），亦即軍事的先行與政治的追認[19]。著名文史學家司馬遼太郎曾評論這次出兵完全是無名之師，可稱為“官制的倭寇”（日语：「」）[20]。

石門戰役後，日軍指揮官西鄉從道與斯卡羅領袖合影。左坐者為卓杞篤之子朱雷、中坐者為西鄉、右坐者為一色。

1874年（清同治十三年）5月12日，日軍於社寮（今屏東縣車城鄉射寮村）登陸[21]，而排灣族從車城鄉統埔村友好的漢人那邊得知日軍行動，事先在要道石門埋伏。5月18日到5月21日，日軍與台灣原住民有小規模接觸，互有傷亡。5月22日，日本陸軍中佐佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門[22]（今屏東縣牡丹鄉石門村）遭到排灣族強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，排灣族在裝備劣勢和人數劣勢下被迫撤兵，牡丹社首領阿祿古父子身亡。經此一役，多數採觀望態度的原住民皆靠向日本。6月1日起日軍分三路掃蕩牡丹社、高士佛社、女仍社等原住民，沿途只有小規模抵抗，原住民人撤入山中，日軍佔領村落後焚燒村屋並撤回社寮營地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女仍社終於投降。

之後日軍移營龜山（今車城鄉國立海洋生物博物館附近）長期駐紮，卻因氣候與衛生因素飽受瘧疾等熱帶疾病之苦，據日方紀錄，參與行動的日軍與隨軍人員5,990人共回報了1萬6,409件的患病紀錄，呈現出平均1人患病2.7次的慘況，而561名的病死者更達實際戰死者的數十倍之多。

日本5月中旬出兵台灣，同治帝隨即於5月下旬派遣船政大臣沈葆楨為欽差大臣，以巡閱為名來台，主持台灣海防及對各國的外交事務。李鴻章允調唐定奎率領的淮軍十三營六千五百人赴台，該部隊熟習西洋槍砲，是淮軍主力。當年農曆九月中旬以後到十月間陸續抵台，使得雙方戰力情勢逆轉，沈葆楨的談判地位因此頓時提升了許多[23][24]

加上此時日軍因熱病侵襲，病歿650人（陣亡者僅20餘人），又已耗軍費1260餘萬日圓（尚未計算購買運兵用船舶的770萬日圓），深感難以持續。於是日本政府派內務卿大久保利通為全權大臣，赴清廷交涉[20]。

當時沈葆楨及李鴻章對情勢皆有清楚的判斷，分別上疏表示日本急於謀和，實因情勢窘迫。因此大清帝國起初態度強硬，軍機大臣文祥公開表示，對於日本方面要求的軍費賠償表示：「一錢不給」[25]。

但大久保商請英國公使威妥瑪為調人[26]，強勢介入。於是清日兩國在1874年10月31日簽訂北京專約，共有三條：

1. 日本國此次所辦，原為保民義舉起見，中國不指以為不是。
2. 前次所有遇害難民之家，中國定給撫卹銀兩，日本所有在該處修道、建房等件，中國願留自用，先行議定籌補銀兩，另有議辦之據。
3. 所有此事兩國一切來往公文，彼此撤回註銷，永為罷論。至於該處生番，中國自宜設法妥為約束，不能再受兇害。