中華民國國家通訊傳播委員會

委員產生方式的違憲爭議

最早的《國家通訊傳播委員會組織法》第四條的委員遴選方法，採用「政黨比例制」（俗稱「系爭」），立法院主要政黨主張為防止執政黨假藉「行政院提名」的名義壟斷提名權；否則國家通訊傳播委員會將與行政院新聞局無異，淪為行政院的下屬機關而非獨立機關。司法院大法官《釋字第613號》認定該制度違憲，指出立法者雖然可以對組織的任命方法作出指定，以確保組織地位超黨派，但通傳會既然在五權之中歸屬行政（中華民國沒有政府機關屬於一府五院之外），施以制衡之手段不能完全剝奪行政院的實質人事任命權，保持行政一體。而且更使立法權架空行政權，有違比例原則。[3] 或有人主張前述說法與「憲法位階高於一般法律」原則有衝突，因為政府部門不能離開「一府五院」，超府院的部門明顯違憲，而通傳會不直屬司法院、監察院、考試院，直屬立法院又不得享有行政權力，因此即使是獨立機關也必需遵守憲法，有所依屬，事實上，此見解完全誤解的法位階理論，獨立機關不直屬行政院，其運作亦不得違反憲法與法律規定，並沒有所謂超府院的組織型式存在。行政權的運作，可以有不同的行政機關分掌行使，其有違法失職的行政行為，亦可透過行政法院給予人民救濟，並沒有違反權力分立原則。縱如大法官釋字613號解釋文，也沒有判定獨立機關的存在是違憲。

2007年12月，立法院院長王金平成功說服中國國民黨立法院黨團放棄政黨比例制，使《國家通訊傳播委員會組織法》第四條修正案得以通過。修正後之第四條規定：國家通訊傳播委員會委員人數減為七人，任期仿照大法官，採取「交叉制」，由三年延長為四年，任期滿後可無限制連任；國家通訊傳播委員會委員由行政院長提名，經立法院同意後任命之；國家通訊傳播委員會委員任滿三個月前，行政院與立法院應依照程序任命新任委員。這是台灣團結聯盟提案的版本。 《國家通訊傳播委員會組織法》違憲之事才得到補正。

行政院告通傳會

2007年6月27日，國家通訊傳播委員會有條件審查通過中國廣播公司股權及經營權移轉予趙少康，行政院新聞局局長謝志偉指責國家通訊傳播委員會「圖利」趙少康及中國國民黨。行政院將下屬獨立機關國家通訊傳播委員會的五名審議委員依圖利罪移送法辦，謝志偉與行政院政务委员許志雄遭趙少康控告「加重誹謗」、「洩密」等罪。

主委、副主委的產生方式

第一至第三屆主委由委員互選產生，但第四屆已由行政院長提名時指定。對於《NCC組織法》修法，改變主委產生方式，包括陳正倉、鍾起惠、翁曉玲等3名委員主張主委、副主委應由委員互選；但主委蘇蘅、張時中、魏學文及劉崇堅等4委員則同意由政院任命。陳正倉等3位委員還發表不同意見書，認為獨立機關若喪失獨立性，公正性會被質疑，由行政院長任命主委、副主委，時任執政黨就有機會透過監理媒體的獨立機關來影響媒體。[4]民主進步黨立委管碧玲質疑，過去NCC主委是委員互推，較具獨立性，現在主委由行政院長指定對獨立性確有損傷。[5]

壹電視5頻道申設案

2009年8月13日，壹傳媒傳訊網股份有限公司（後更名為：壹傳媒電視廣播股份有限公司）申請經營「壹電視新聞台」、「壹電視娛樂台」、「壹電視電影台」、「壹電視體育台」及「壹電視資訊綜合台」5頻道。12月2日通傳會召開「以動畫方式呈現新聞節目之妥適性諮詢會議」。12月9日通傳會第331次委員會議因認定並沒有達到專業標準，因此決議不予許可「壹電視新聞台」及「壹電視資訊綜合台」。

2010年1月29日，壹傳媒電視廣播股份有限公司再度申請經營「壹電視新聞台」及「壹電視資訊綜合台」。3月19日通傳會召開「壹傳媒電視廣播股份有限公司5頻道申設內容座談會」。3月31日「壹電視電影台」決議予以許可。7月28日「壹電視體育台」決議予以許可。9月8日因綜觀其營運計畫書、歷次補正資料及該公司於審查期間與本會及社會代表之互動過程，對於其能否善盡傳播媒體之社會責任仍有疑慮，決議不予許可「壹電視娛樂台」、「壹電視新聞台」及「壹電視資訊綜合台」等3頻道。

中國電視事業股份有限公司及中天電視股份有限公司申請董事長、董監事及總經理變更案

年代綜合台執照失效案

2010年12月22日，通傳會以年代綜合台內容充斥節目廣告化為由，通知該頻道執照失效。年代綜合台成為通傳會成立以來首家換照後因附款(解除條件)成就而導致執照失其效力的媒體，通傳會並通令有線電視系統業者自2010年12月30日0時起，終止年代綜合台訊號之播送。撤照消息傳出，傳播、法律學者，執政與在野黨立法委員多表強烈不滿，質疑通傳會未按撤換分流程序與引用爭議法條等，以身為獨立機關而違法擴權、濫權戕害媒體。12月29日，通傳會宣布年代綜合台於2010年12月31日凌晨零時起停播。

旺旺中時媒體集團併購中嘉案

4G釋照

立法院第7屆第8會期交通委員會第17次全體委員會議紀錄顯示，前任主委蘇蘅表示，4G釋照期程預定於2015年7月前完成。立法院另於「中華民國101年度中央政府總預算案」三讀時提案，要求4G釋照期程提前於2014年7月前完成規劃。

通傳會第四屆委員就任之後，行政院隨即於2012年8月召開密集會議研商，擬具釋照規劃方案，並於同年9月依電信法公告「第一類電信事業開放之業務項目、範圍時程及家數一覽表」，確定於2013年12月開放行動寬頻業務的最新釋照時程。於2013年5月8日發布「行動寬頻業務管理規則」，公告受理申請經營，經過40個工作天，393回合各界關注的競價作業，於2013年10月30日完成700、900、1800MHz頻段競價釋照作業，總標金高達新台幣1186.5億元。

電信法修正草案第九條

2013年4月24日送行政院審查，但有妨礙網路自由的爭議，後於2013年7月被行政院退審[6]。

中天新聞台不予換照案

2019年6月18日，時代力量籍立委黃國昌發函NCC，要求廢止中天新聞執照。另外中天因為過度吹捧政治人物等爭議在2019年年初至7月11日被開罰將近400萬元。

2020年10月26日，NCC召開換照聽證會。10月28日，黃國昌發布多張蔡衍明與旺中高階媒體主管的微信群組的對話截圖，表示蔡衍明干預新聞報導[7]。

2020年11月18日，NCC召開換照審查，會中以7比0全數通過否決了中天新聞台換照，宣布不予換照[8]。NCC主委陳耀祥表示，中天新聞台最大的問題就是大股東蔡衍明干預新聞台運作[9]。國民黨團總召林為洲痛批，NCC完全是按照劇本演出，該會委員淪布袋戲偶，並批評其非獨立機關。[10]