中華民國中央行政機關

規範中央行政機關整體架構的法律，除了《中華民國憲法》之外，主要是以《行政院組織法》和《中央行政機關組織基準法》作為準則，並以《中央政府機關總員額法》規範各機關的員額總數。

依照現行《行政院組織法》第三、第四、第五條的規定，行政院設有內政、外交、國防、財政、教育、法務、經濟及能源、交通及建設、勞動、農業、衛生福利、環境資源、文化、科技部；國家發展、大陸、金融監督管理、海洋、僑務、國軍退除役官兵輔導、原住民族、客家委員會等14部8會。依照該法第六、七、八、九條的規定，行政院設有行政院主計總處、行政院人事行政總處、中央銀行、國立故宮博物院。另設中央選舉、公平交易、國家通訊傳播委員會等獨立機關。

另外，依照《促進轉型正義條例》第二條的規定，行政院設促進轉型正義委員會，為中央二級獨立機關。依《國家運輸安全調查委員會組織法》第一條的規定，行政院設國家運輸安全調查委員會；依《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》第二條的規定，行政院設不當黨產處理委員會，兩者皆為相當中央三級獨立機關。

根據《中央行政機關組織基準法》，中華民國中央行政機關的層級架構如下：

但因部分機關的組織法規尚在進行修改，中央行政機關的實際層級架構較為混雜：

中央二級機關

標示粗字體者，其首長為內閣成員，有參加行政院會議之義務。下附部會所屬的中央三級機關（不含事業機構），依照其類型與最初創立時間排列。

中央三級獨立機關

依照《中華民國臨時政府組織大綱》設置，中華民國臨時政府內閣（1912年1月3日－1912年3月12日）為總統制，中華民國臨時大總統為國家元首兼政府首腦。

總統下設內政、財政、外交、司法、教育、交通、實業、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。

《中華民國臨時約法》由中華民國參議院通過，3月11日公布實施，北洋政府內閣開始（1912年3月12日－1928年12月29日）；政府首腦為國務院國務總理，1914年5月1日《中華民國約法》通過後，改為總統府政事堂國務卿，1916年6月29日申令仍遵行《中華民國臨時約法》，國務卿改回國務總理。

• 1912年3月12日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、工商、農林、陸軍、海軍等10部，首長稱為總長。
• 1914年2月12日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農商、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。
• 1914年5月1日：總統府政事堂下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農商、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。1916年5月8日袁世凱改政事堂為國務院。
• 1916年6月29日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農商、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。
• 1927年6月20日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農工、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。1928年6月3日北洋政府結束，國務院解散。

1917年8月25日根據孫中山提議在廣州召開「國會非常會議」，決定組織護法軍政府（國家元首兼政府首腦），以維護《中華民國臨時約法》，設中華民國軍政大元帥（1人）、元帥（3人）。1918年5月20日依非常國會通過的《中華民國軍政府組織大綱修正案》改組軍政府，廢除大元帥制，以七總裁取代大元帥（一人為主席總裁）。1921年4月2日非常國會取消軍政府，聲稱組織正式中華民國政府，國家元首為中華民國大總統。1923年3月1日重組政府，國家元首為海陸軍大元帥；1925年7月1日依《國民政府建國大綱》改組國民政府。

• 1917年9月1日：大元帥府下設外交、内政、财政、陆军、海军、交通6部，首長稱為總長。
• 1921年5月5日：總統府下設內務、外交、財政、陸軍、海軍、參謀6部，首長稱為總長。
• 1923年3月1日：大本營下設外交、財政、內政、軍政、建設5部，首長稱為部長。

1925年7月1日，中國國民黨在廣州成立國民政府，最高決策機關為國民政府委員會，採取合議委員制，設十六人為委員（一人為主席）；另設國民政府軍事委員會，設常務委員（一人為主席）。1927年2月21日國民政府遷往武漢期間，以「中國國民黨中央執行委員與國民政府委員臨時聯席會議」作為臨時領導機構，設聯席會議主席一人；國民政府暫時駐錫武漢後，不設主席以常務委員（五人）決議。1927年4月18日蔣中正等國民黨反共派於在南京另立「國民政府」，採取委員制（十二人，一人為主席），至同年8月19日，寧漢兩方改以南京之國民政府為主體。

1928年2月7日，中國國民黨二屆四中全會通過改組國民政府，國民政府由中國國民黨中央執行委員會監督，政府委員由國民黨中央委員會選舉，國民政府與軍事委員會各設主席一人。1928年10月北伐結束，國民政府公布《中華民國國民政府組織法》，國民政府由行政院、立法院、司法院、考試院、監察院組成，設主席一人（兼任陸海空軍總司令），委員十至十二人，並在全國施行「訓政」。1932年1月28日一二八事變後，復設國民政府軍事委員會；1937年盧溝橋事變後的9月，國民政府軍事委員會成為實際的政治行政中心，國民政府主席為虛位元首，直至抗戰結束後縮編軍事委員會。

• 1927年4月18日：國民政府下設財政、外交、民政、司法等4部，以及大學院。
• 1928年2月7日：國民政府下設內政、外交、財政、交通、司法、農礦、工商等7部，以及軍事委員會、最高法院、監察院、大學院。
• 1928年10月：行政院下設內政、外交、軍政、財政、農礦、工商、教育、交通、鐵道、衛生等10部。

1948年5月20日，依《中華民國憲法》以總統和五院中央體制正式取代國民政府。

• 1947年
  • 3月31日：計畫行政院下設14部3會，內政、外交、國防、財政、工商、教育、交通、司法行政、農林、郵電、勞動、水利、地政、衛生部，以及資源、蒙藏、僑務委員會，以及不管部會的政務委員。院本部設秘書處、訴願審議委員會、會計處、統計室、人事室。
  • 4月22日：計畫行政院下設15部3會1局，內政、外交、國防、財政、經濟、教育、交通、司法行政、農林、郵電、社會、糧食、水利、地政、衛生部，以及資源、蒙藏、僑務委員會與新聞局，以及不管部會的政務委員。院本部增設法規委員會。
  • 12月25日：計畫行政院下設14部3會1局1處，內政、外交、國防、財政、工商、教育、交通、司法行政、農林、社會、糧食、水利、地政、衛生部，以及資源、蒙藏、僑務委員會與新聞局和主計處，以及不管部會的政務委員。
• 1948年5月13日：行政院下設15部3會1局，內政、外交、國防、財政、教育、司法行政、交通、工商、農林、糧食、社會、水利、地政、衛生、主計部，以及資源、蒙藏、僑務委員會與新聞局，以及不管部會的政務委員。院本部會計處改會計室。
• 1949年3月21日：行政院下設8部2會1處，內政、外交、國防、財政、經濟、教育、司法行政、交通部，以及蒙藏、僑務委員會與主計處，以及不管部會的政務委員。
• 1952年11月20日，恢復設置新聞局。
• 1954年11月1日，新成立「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會」（2002年改名為「行政院國軍退除役官兵輔導委員會」）。
• 1955年5月16日，新成立「行政院原子能委員會」。
• 1959年2月，新成立「行政院國家科學委員會」。
• 1963年9月美援會改組成「行政院國際經濟合作發展委員會」（1973年8月改組為「行政院經濟設計委員會」，1977年12月合併行政院財經小組改為「行政院經濟建設委員會」）。
• 1965年11月12日，恢復設置「國立故宮博物院」。
• 1966年1月28日，新成立「行政院青年輔導委員會」。
• 1967年9月16日，新成立「行政院人事行政局」。
• 1969年3月，行政改革研究會改組成立「行政研究發展考核委員會」。
• 1971年3月17日，內政部衛生司升格為「行政院衛生署」。
• 1979年3月16日，農復會改組恢復為中央行政層級的農業部門「行政院農業發展委員會」。11月8日「中央銀行」由總統府改隸屬行政院。
• 1980年7月1日，司法行政部改組為「法務部」。
• 1981年11月11日，新成立「行政院文化建設委員會」。
• 1987年
  • 8月1日，恢復設置中央行政層級的勞工部門「行政院勞工委員會」」。
  • 8月22日，將行政院衛生署環境保護局升格為「行政院環境保護署」。
• 1992年1月27日，新成立「行政院公平交易委員會」。
• 1994年7月1日，新成立「行政院消費者保護委員會」。
• 1995年7月20日，新成立「行政院公共工程委員會」。
• 1996年12月10日，新成立「行政院原住民委員會」（2002年1月1日更名為「行政院原住民族委員會」）。
• 1997年7月16日，教育部體育司與國民體育委員會整合為「行政院體育委員會」。
• 1998年5月25日，新成立「航空器飛航安全委員會」（2001年5月23日改組為「行政院飛航安全委員會」）。
• 2000年1月28日，整合國防部軍管區司令部暨海岸巡防司令部、內政部警政署水上警察局、財政部關稅總局緝私船隊而成立「行政院海岸巡防署」。
• 2001年6月14日，新成立「行政院客家委員會」。
• 2004年7月1日，新成立「行政院金融監督管理委員會」。
• 2006年2月22日，新成立「國家通訊傳播委員會」。

• 2010年2月3日：行政院組織再造計畫行政院下設14部11會2總處2所屬機關，內政、外交、國防、財政、經濟及能源、教育、法務、交通及建設、勞動、農業、衛生福利、環境資源、文化、科技部，以及國家發展、金融監督管理、海洋、大陸、僑務、原住民族、客家、國軍退除役官兵輔導委員會以及中央選舉、公平交易、國家通訊傳播委員會（3獨立機關），行政院主計總處、行政院人事行政總處、中央銀行、國立故宮博物院，以及7至9名不管部會的政務委員。院本部增設消費者保護處、性別平等處、發言人室。
• 2012年
  • 1月1日，組織再造開始實施，首先改制者為行政院本部、法務部、國立故宮博物院、中央選舉委員會、中央銀行、客家委員會，以及行政院消費者保護委員會改組為「行政院消費者保護會」（業務移置院本部設「消保處」）。
  • 2月6日，行政院主計處改制為「行政院主計總處」、行政院人事行政局改制為「行政院人事行政總處」、以及行政院公平交易委員會改組為「公平交易委員會」。
  • 5月20日，行政院文化建設委員會升格為「文化部」，行政院飛航安全委員會改組為「飛航安全調查委員會」（降為行政院直轄三級機關），以及行政院新聞局裁撤降為院本部的「發言人室」。
  • 7月1日，行政院金融監督管理委員會改組為「金融監督管理委員會」。
• 2013年
  • 1月1日，行政院青年輔導委員會與行政院體育委員會分別降級為「教育部青年發展署」與「教育部體育署」。
  • 7月23日，行政院衛生署升格為「衛生福利部」。
  • 11月1日，行政院國軍退除役官兵輔導委員會改組為「國軍退除役官兵輔導委員會」。
• 2014年
  • 1月22日，行政院經濟建設委員會整併行政院研究發展考核委員會改組為「國家發展委員會」。
  • 2月17日，行政院勞工委員會升格為「勞動部」。
  • 3月3日，行政院國家科學委員會升格為「科技部」。
  • 3月26日，行政院原住民族委員會改組為「原住民族委員會」。
• 2016年
  • 9月1日，新設三級獨立機關「不當黨產處理委員會」。
• 2017年
  • 9月15日，蒙藏委員會降級為文化部蒙藏文化中心。
• 2018年
  • 4月28日，新設「海洋委員會」，行政院海岸巡防署降級為「海洋委員會海巡署」。
  • 5月31日，新設「促進轉型正義委員會」獨立機關。
  • 7月2日，行政院大陸委員會改組為「大陸委員會」。
• 2019年
  • 8月1日，飛航安全調查委員會改組為「國家運輸安全調查委員會」。