沪昆既有线动车组列车

D206次通过莲塘站

D106次列车曾使用CRH1E担当

上海开往长沙的动车组列车最初于2007年4月18日第六次大提速之时开行，运行区间为上海南和长沙车次为D109/12、D107/6次。车底在担任至长沙的列车前需套跑上海南至义乌的D685/D686次列车，折返回上海南后开行D109/112次列车。列车于15：50分从上海南开车、长沙23∶21到，中途不停站；车底于次日开行长沙～武昌D150/D149次。D107/6次长沙14∶28开，上海南22∶22到，中途停靠株洲、鹰潭、上饶、衢州、诸暨，车底套跑顺序为出库→上海南→D685至义乌→D686至上海南→D109/112次至长沙→D150至武昌→D149至长沙→D107/106至上海南→入库[17]。2007年6月8日起，D109/112次增加杭州东、金华西两个停站，107/106次增加新余停站，之后也陆续增加沿线停站[18]，同期开行的还有D101/104、D103/102次，但开行不久即停运[19]；

2009年4月1日起，D107/106次列车和武昌-长沙D150次拉通运行，车次为D107/106次列车，因此套跑顺序变为出库→D5685至义乌→D5686至上海南→D105至长沙→次日开D150至武昌→D107/106次至上海南→回库。2010年10月24日，沪杭高铁开通，因此列车沪杭段经由沪杭高铁运行并改为上海虹桥站到发。2011年1月11日起，武昌～上海虹桥D107/106次改为长沙～上海虹桥间开行，上海虹桥～长沙D109/112次改为D105/108次，该车次因此变为D105/108、D107/106次列车直至停运；同时，使用该车底套跑长沙至南昌D115/8、D207/206次列车，套跑顺序变为出库→D105/108次至长沙→D115/118次至南昌→次日开D207/206次至长沙[20]→D107/106次列车[21][22]。之后维持该车次和运行图不变直至2014年9月1日D115/8、D207/206次列车因杭长客专长沙南南昌西区间开通而停运，转至长沙过夜。12月14日杭长客专南昌西杭州东路段开通，D105/108、D107/106次列车停运，转而由沪长高速动车组列车担当该区间客流运输任务。

D105/108、D107/106次列车在开通初期由重联CRH1A担当，后期由于CRH1A陆续被调离上海铁路局转而由长编组列车CRH1B担当，全车定员1299人。

D98次列车（右侧）在南昌站待发

上海虹桥到南昌的D97/98次列车于2010年10月24日开行，由于沪杭高铁的开通，所有原先在沪昆铁路沪杭段运行的动车组列车都转移到沪杭高铁运行，因此也为开行动车组创造了条件。车底交路为出库→D97至南昌→D98至上海虹桥→回库，使用CRH1B担当，定员1299人。

上海铁路局在沪昆铁路管内大量开行管内动车组列车，在开通初期因条件限制最北端只能至上海南始发终到。上海虹桥站和沪杭高铁开通后，北上的列车可经由虹桥高速场进入京沪高速铁路、或经由虹桥综合场进入沪宁城际高速铁路虹安联络线而免于换向，因此拉通了一些在虹桥“断头”的管内动车组列车。同时由于管内车底调配更灵活，因此车底交路非常复杂并经常更改车型。在沪昆既有线动车组列车后期，所有管内动车组都经由沪昆铁路杭州绕行线进入杭州站而不是杭州东站。[23]

2014年5月，D93次列车在上海虹桥站待发

南昌-上海虹桥D92/91、D94/93次列车沿京九铁路、沪昆铁路和沪杭高速铁路运行，由南昌铁路局南昌客运段担当乘务工作，全程运行809公里。

2007年4月18日，南昌铁路局开行南昌至上海南D92/93次列车，南昌至上海南D92次沿途停靠鹰潭、上饶、金华西、义乌等站，单程运行时间5小时24分；上海南至南昌D93次，中途不停站，全程运行5小时零8分。日后每次调图中，D92/93次列车会增加停靠站。

2010年10月26日，沪杭高铁开通，南昌铁路局加开南昌～上海虹桥D94/D91次1对，经沪昆线、笕桥线、沪杭高铁运行；同时D92/93次列车沪杭区间改由沪杭高铁运行并至改由上海虹桥站到发[35]。2012年7月1日，D91次列车和D93次列车车次和交路互换，因此南昌-上海虹桥的两对动车组列车车次变为D92/91次列车和D94/93次列车，日后维持车次不变直至2014年12月10日停运。

南昌-长沙D205/208、D117/116次列车沿京九铁路、沪昆铁路和京广铁路运行，于2007年4月18日开行[36]。由南昌铁路局南昌客运段担当乘务工作，全程运行419公里。开通初期由非统CRH2A担当，后改由CRH1A担当[37]，最后由统型CRH2A担当。

D205/208、D207/206次列车原定于2014年9月1日随杭长高铁南昌西-长沙南区间开通而停运，后因长沙南站沪昆场候车室施工延期等因素，该车以及D115/118、D205/208次列车车票继续发售，但预售期仅三天[38]。最终该车于2014年9月16日停运。

D113/112、D111次的"接班车"D81次列车于杭州东站待发

2007年4月18日，D113/112、D111次列车的前身，南昌到杭州的D96/95次列车开行。南昌铁路局在南昌站举行"铁路第六次大面积提速暨时速200公里动车组首发仪式"，同时联合江南都市报等媒体邀请南昌市各行业的15名群众乘坐[39]。8时05分，D96次列车驶出南昌站二站台，标志着江西省和南昌铁路局历史上第一趟时速200公里的动车组列车正式开行。8月22日，南昌～杭州D96/5次由单组改为重联运行[40]；12月25日起，采用CRH1A型动车组替换原有的CRH2A型[41]，后又换回统型CRH2A担当。

2012年12月21日，D96次列车延伸到九江始发，同时将原车次D96/95次列车更改为D113/112、D111次列车，九江至南昌D6347次停运[42]。2013年7月1日，新杭州东站建成通车，列车改由杭州东站普速场始发终到，不再进入杭州绕行线[43]。之后维持该次不变直至更改运行路线。

2014年12月14日，D113/112、D111次列车停运，同时加开经由杭长高铁、昌九城际铁路运行的九江-杭州东D83/82、D81/84次列车，但停靠杭州东站的宁杭甬场，这班车通常被视为D113/112、D111次列车的接班车[44]，而且从2014年12月至2016年1月期间曾是杭长高铁上唯一一班D字头列车。该车于2017年9月21日起停运[45]。