行政院功能業務與組織調整

民國77年（1988年）10月，將《行政院組織法修正草案》首度送交立法院審查，並曾於民國79年（1990年）元旦二讀；但行政院於該年6月將其撤回。當時的草案重點為：

將8部增加為12部,新設或改名重組的有：

1. 衛生福利部
2. 農業部
3. 文化部
4. 勞動部
5. 經濟貿易部等5部

將委員會數量減為7會，共設：

1. 蒙藏委員會
2. 僑務委員會
3. 經濟建設委員會
4. 國軍退除役官兵輔導委員會
5. 原子能委員會
6. 國家科學委員會
7. 研究發展考核委員會

並增設2總署及1總處，分別是：

1. 新聞總署
2. 環境保護總署
3. 主計總處

民國93年6月制定《中央行政機關組織基準法》後，隨即擬定《行政院組織法修正草案》。此版本中央政府部門調整為十三部、四會和五獨立機關。重點為：

13部中有11個新設或更名重組，共有：

1. 內政與國土安全部
2. 外交及僑務部
3. 國防及退伍軍人部
4. 教育及體育部
5. 經濟貿易部
6. 交通及建設部
7. 勞動及人力資源部
8. 農業部
9. 衛生及社會安全部
10. 環境資源部
11. 文化及觀光部

4會中新設2會：

1. 國家發展及科技委員會
2. 海洋委員會

5獨立機關中除將央行、中選會和公平會改制外並增設：

1. 金融監督管理委員會
2. 國家通訊傳播委員會

但該版本未完成立法。

行政院於民國97年（2008年）7月21日成立行政院組織改造推動小組，由行政院副院長擔任該小組召集人。並於民國98年（2009年）4月9日通過《行政院組織法修正草案》擬將部會整併為十三部、九會、二總處、二其他機關及三獨立機關[4]。該版本重點為：

13部中新設及更名重組6部，分別是：

1. 文化部
2. 衛生福利部
3. 勞動部
4. 交通及建設部
5. 農業部
6. 環境資源部

委員會中增設國家發展委員會和海洋委員會。

3個獨立機關為：

1. 中央選舉委員會
2. 國家通訊傳播委員會
3. 公平交易委員會

新增的2個總處是：

1. 行政院主計總處
2. 行政院人事行政總處

民國98年（2009年）10月12日，立法院司法及法制委員會完成《中央行政機關組織基準法修正草案》及《中央政府機關總員額法草案》初審[5]；同年11月11日，《行政院功能業務與組織調整暫行條例草案》完成初審。[6]同年12月14日《行政院組織法修正草案》完成初審，並展開朝野協商[7]。

民國99年（2010年）1月12日，立法院三讀通過《行政院組織法》修正案、《中央行政機關組織基準法》修正案、《中央政府機關總員額法》、《行政院功能業務與組織調整暫行條例》等攸關政府組織再造的4項法案（合稱「政府組織再造四法」），並於同年2月3日經總統正式公佈，自此終確立中央行政機關的新架構。行政院將於民國101年（2012年）1月1日起，由原有的37部會分階段整併為29個部會。分成14部、8會、3獨立機關、1行、1院、2總處，中央政府總員額上限則從現行的19萬200人減至17萬3000人[8]。

2012年1月1日起，陸續啟動新的行政院及中央部會組織架構。原組織架構的11部會，原行政院新聞局、行政院消費者保護委員會、行政院青年輔導委員會、行政院體育委員會、行政院經濟建設委員會及行政院研究發展考核委員會等已遭裁撤或降編；尚有行政院海岸巡防署、蒙藏委員會、行政院公共工程委員會及行政院原子能委員會等待新法源實施後也將裁撤或降編。

2012年10月1日，行政院人事行政總處「總處培字第10100518151號函」載明：「因應行政院組織改造，有關行政院所屬機關（構）考試職缺之實際用人機關、工作地點及內容，以分發機關辦理分配作業時為準；另該職缺可能配合行政院組織調整，移撥至他機關[9]。」

2016年10月11日蔡英文總統在執政決策協調會中指出，剩下六部會組改將分成二階段進行，首先將處理陸委會和經濟及能源部組織法和裁撤蒙藏委員會。[10]

2017年9月15日，蒙藏委員會裁撤；12月23日廢止組織法。

2018年4月28日，海洋委員會在高雄市成立。原行政院海岸巡防署同時降為該會所屬機關。同年5月3日，行政院會通過重擬的《內政部組織法草案》、《交通及建設部組織法草案》、《經濟及能源部組織法草案》、《環境資源部組織法草案》、《農業部組織法草案》及《核能安全委員會組織法草案》。[11]

• 3獨立機關：

1. 核能安全委員會
2. 國家運輸安全調查委員會
3. 不當黨產處理委員會（任務編組）

相關法律的生效時間，《行政院組織法》新條文於民國101年（2012年）元旦起實施[12]，《中央行政機關組織基準法》新條文於2010年2月5日實施；《行政院功能業務與組織調整暫行條例》（部分條文從2010年6月1日）和《行政院組織法》同日實施；實施至2022年1月31日止。《中央政府機關總員額法》自2010年4月1日實施[13][14]。

新成立

1. 國家發展委員會：2014年1月22日行政院經濟建設委員會、行政院研究發展考核委員會整併成立。
2. 海洋委員會：2018年4月28日成立。
3. 促進轉型正義委員會：2018年5月31日成立。

更名或改組

1. 客家委員會：2012年元旦摘除行政院字樣，成為正部會級機關。
2. 公平交易委員會：2012年2月6日摘除行政院字樣，成為正部會級機關。
3. 行政院人事行政總處：2012年2月6日由行政院人事行政局改制。
4. 行政院主計總處：2012年2月6日由行政院主計處改制。
5. 文化部：2012年5月21日由行政院文化建設委員會升格。
6. 金融監督管理委員會：2012年7月1日摘除行政院字樣，成為正部會級機關。
7. 衛生福利部：2013年7月23日由行政院衛生署升格。
8. 國軍退除役官兵輔導委員會：2013年11月1日摘除行政院字樣，成為正部會級機關。
9. 勞動部：2014年2月17日由行政院勞工委員會升格。
10. 科技部：2014年3月3日由行政院國家科學委員會升格。
11. 原住民族委員會：2014年3月26日摘除行政院字樣，成為正部會級機關。
12. 大陸委員會：2018年7月2日摘除全銜之行政院字樣，成為正部會級機關。[15]
13. 經濟及能源部：未來將由經濟部改制。
14. 交通及建設部：未來將由交通部改制。
15. 環境資源部：未來將由行政院環境保護署升格。
16. 農業部：未來將由行政院農業委員會升格。

組織部分調整

1. 法務部：2012年元旦。
2. 中央銀行：2012年元旦。
3. 國家通訊傳播委員會：2012年8月1日，和中央選舉委員會及公平交易委員會為獨立機關。
4. 外交部：2012年9月1日。
5. 財政部：2013年元旦。
6. 教育部：2013年元旦。
7. 國防部：2013年元旦。
8. 僑務委員會：2012年9月1日。
9. 內政部：未來將調整組織。

降格[16]

1. 行政院消費者保護委員會：2012年元旦降為行政院消費者保護處（行政院本部單位）以及屬於任務編組性質的行政院消費者保護會。
2. 行政院飛航安全委員會：2012年6月5日改制為飛航安全調查委員會，降格為行政院下直屬的三級獨立機關。
3. 行政院青年輔導委員會：2013年元旦降為教育部青年發展署，青年就業業務轉入勞動部。
4. 行政院體育委員會：2013年元旦降為教育部體育署。
5. 行政院海岸巡防署：2018年4月28日降為海洋委員會海巡署。
6. 行政院原子能委員會：未來將降為行政院直屬的中央三級機關，並更名為核能安全委員會。

裁撤

1. 行政院新聞局：2012年5月20日裁撤，改為行政院發言人室（屬行政院院本部），部分業務併入文化部影視及流行音樂產業局與外交部。
2. 行政院研究發展考核委員會：2014年1月22日裁撤併入國家發展委員會。
3. 行政院經濟建設委員會：2014年1月22日裁撤併入國家發展委員會。
4. 蒙藏委員會：2017年9月15日裁撤，改為文化部蒙藏文化中心（文化部派出單位），部分業務併入大陸委員會與外交部。[17]
5. 行政院公共工程委員會：未來將裁撤，業務併入國家發展委員會。

新成立

1. 不當黨產處理委員會：2016年8月31日成立，直屬行政院。

部會改隸且改組

1. 內政部兒童局：2013年7月23日整併內政部社會司部份業務改隸衛生福利部，更名為衛生福利部社會及家庭署。
2. 國立中國醫藥研究所：2013年7月23日改隸衛生福利部，更名為衛生福利部國家中醫藥研究所。
3. 行政院研究發展考核委員會檔案管理局：2014年1月22日改隸國家發展委員會，更名為國家發展委員會檔案管理局。
4. 交通部中央氣象局：未來將隨著環境資源部的成立而改隸升格為環境資源部中央氣象署。
5. 經濟部水利署：未來將隨著環境資源部的成立而改隸屬為環境資源部水資源保育署。
6. 行政院農業委員會林務局：未來將隨著環境資源部的成立而改隸屬升格為森林及自然保育署。
7. 行政院農業委員會水土保持局、經濟部礦務局、經濟部中央地質調查所與經濟部礦業司：未來將隨著環境資源部的成立而改合併改隸屬升格為環境資源部水土保持及地質礦產署。

原部會內改組

1. 財政部關稅總局：2013年元旦改組為財政部關務署。
2. 財政部國有財產局：2013年元旦改組為財政部國有財產署。
3. 財政部財稅資訊中心：2013年元旦改組為財政部財政資訊中心。
4. 教育部中部辦公室：2013年元旦整併教育部中等教育司、技職司、國教司、文教處等單位，改組為教育部國民及學前教育署。
5. 國防部總政治作戰局：2013年元旦改組為國防部政治作戰局。
6. 行政院衛生署國民健康局：2013年7月23日改組為衛生福利部國民健康署。
7. 行政院衛生署疾病管制局：2013年7月23日改組為衛生福利部疾病管制署。
8. 行政院衛生署食品藥物管理局：2013年7月23日改組為衛生福利部食品藥物管理署。
9. 行政院衛生署中央健康保險局：2013年7月23日改組為衛生福利部中央健康保險署。
10. 行政院勞工委員會職業訓練局：2014年2月17日改組為勞動部勞動力發展署。
11. 行政院勞工委員會勞工安全衛生處：2014年2月17日改組為勞動部職業安全衛生署。
12. 行政院勞工委員會勞工保險局：2014年2月17日改組為勞動部勞工保險局。
13. 行政院勞工委員會勞工退休基金監理會：2014年2月17日改組為勞動部勞動基金運用局。
14. 行政院勞工委員會勞工安全衛生研究所：2014年2月17日改組為勞動部勞動及職業安全衛生研究所。
15. 內政部入出國及移民署：2015年1月2日改組為內政部移民署。
16. 內政部營建署：預定，將整併國土測繪中心與土地重劃工程處，改組為內政部國土管理署。
17. 交通部臺灣區國道高速公路局：2018年2月12日，整併交通部臺灣區國道新建工程局改組為交通部高速公路局，預定交通部改組為交通及建設部後，將更名為「交通及建設部高速公路局」。
18. 交通部觀光局：預定，將改組交通及建設部觀光署。
19. 交通部公路總局：預定，將改組交通及建設部公路局。
20. 交通部航港局：預定，將改組交通及建設部航港局。
21. 飛航安全調查委員會：2019年8月1日改組為國家運輸安全調查委員會。
22. 行政院農業委員會農田水利處：2020月10月1日，整併農田水利會改組為行政院農業委員會農田水利署，預定行政院農業委員會改組為農業部後，整併水土保持局農村部分單位，改組為農業部農村及農田水利署。
23. 行政院環境保護署環境督察總隊：未定。
24. 經濟部能源局：未定。
25. 經濟部國際貿易局：未定。
26. 經濟部工業局：未定。
27. 經濟部加工出口區管理處：未定。
28. 經濟部中小企業處：未定。

增設

1. 行政院人事行政總處公務人力發展學院：2017年7月7日，由原行政院人事行政總處公務人力發展中心與行政院人事行政總處地方行政研習中心合併後的新設機關。
2. 交通部鐵道局：2018年6月11日，由原交通部高速鐵路工程局與交通部鐵路改建工程局合併後的新設機關。預定交通部改組為交通及建設部後，將更名為「交通及建設部鐵道局」。
3. 內政部國家公園署：由原內政部營建署改組新設機關。
4. 衛生福利部國民年金局：衛生福利部未來擬設的所屬機關。

• 1月1日：
  • 實施新組織架構[18]：行政院本部、法務部、國立故宮博物院、中央選舉委員會、中央銀行
  • 既有機關改制：客家委員會（由行政院客家委員會改制）[19]
  • 裁併機關：行政院消費者保護處（原行政院消費者保護委員會裁撤併入行政院本部單位）
  • 新機關成立：行政院性別平等處[20]
• 2月6日，既有機關改制：行政院主計總處（由行政院主計處改制）[21]、行政院人事行政總處（由行政院人事行政局改制）[22]、公平交易委員會（由行政院公平交易委員會改制）[23]
• 5月20日：
  • 既有機關改制：文化部（由行政院文化建設委員會升格）[24]、飛航安全調查委員會（由行政院飛航安全委員會改制）[25]
  • 裁撤機關：行政院新聞局（其業務分由行政院發言人室、外交部與文化部承接）[26]
• 7月1日，既有機關改制：金融監督管理委員會（由行政院金融監督管理委員會改制）[27]
• 8月1日，組織部分調整：國家通訊傳播委員會
• 9月1日，組織部分調整：外交部[28]、僑務委員會

• 1月1日：
  • 實施新組織架構：財政部[註 3]、教育部、國防部
  • 既有機關降級：行政院體育委員會（改制為教育部體育署）、行政院青年輔導委員會（改制為教育部青年發展署）
• 7月23日，既有機關改制：衛生福利部（由行政院衛生署升格）[29]
• 11月1日，既有機關改制：國軍退除役官兵輔導委員會（由行政院國軍退除役官兵輔導委員會改制）

• 1月22日：
  • 新機關成立：國家發展委員會（合併行政院經濟建設委員會與行政院研究發展考核委員會）
  • 裁撤機關：行政院經濟建設委員會、行政院研究發展考核委員會（併入國家發展委員會）
• 2月17日，既有機關改制：勞動部（由行政院勞工委員會升格）
• 3月3日，既有機關改制：科技部（由行政院國家科學委員會升格）
• 3月26日，既有機關改制：原住民族委員會（由行政院原住民族委員會改制）

• 8月31日：
  • 新機關成立：不當黨產處理委員會

• 9月15日：裁撤機關：蒙藏委員會（改由文化部蒙藏文化中心承接主要業務，次要業務由行政院大陸委員會與外交部接收[17]）

• 4月28日：
  • 新機關成立：海洋委員會
  • 既有機關降級：行政院海岸巡防署（併入海洋委員會，並降級為海洋委員會轄下的海巡署）
• 5月31日：
  • 新機關成立：促進轉型正義委員會
• 7月2日：
  • 既有機關改制：大陸委員會（由行政院大陸委員會改制）

• 8月1日：
  • 既有機關改制：國家運輸安全調查委員會（由飛航安全調查委員會改制）

• 既有機關改制：農業部、環境資源部、經濟及能源部、交通及建設部
• 既有機關降級：行政院原子能委員會
• 裁撤機關：行政院公共工程委員會（併入國家發展委員會）
• 組織部分調整：內政部、文化部