陳建仁

陳建仁擔任國科會主委期間，掛名共同作者的論文出現抄襲爭議。該篇論文是由台大醫學院醫師陳冠宇所撰寫，陳建仁和時任台大副校長楊泮池同為掛名的九名共同作者之一，楊泮池在第一時間對社會道歉並辭職，事後他出面說明是審查時的「抄錄不當」而非抄襲，經修改後已獲期刊刊登[34]。

2007年8月10日，中國時報刊登「又見次長涉案，再談責任政治倫理」社論，批評民進黨官員責任倫理的衰敗，文中說到「國科會主委自己是論文抄襲案的主角，其學術倫理委員會對中興大學的倫理案大開鍘刀，祭出停權多年之處分，卻對主委涉案不敢聞問」。時任國科會主委陳建仁對中國時報余建新、夏珍等人提出誹謗之訴。地院認為，該社論內容，顯有依據，判決被告無罪。台北地院2008年1月31日判決指出，國際知名期刊《Cancer》雜誌執行編輯於2006年12月6日函台大醫院副院長蔡克嵩教授表示，該雜誌認定案外人陳冠宇所撰投稿至該雜誌之論文《Hormone Replacement Therapy and Lung Cancer Risk in Taiwan》手稿有抄襲之嫌，要求台大醫院處理。而台大醫院2007年12月14日學術倫理案件審議委員會會議認定本案件在introduction和部分method已引用相關文章，其英文有抄襲之事實，但顯非故意，情節不重，又本案投稿論文未曾作為渠本次升等之代表著作，或參考著作，因此決議陳冠宇5年內不得提出教師新（改）聘及升等之申請 。至於共同作者部分，倫理委員建議由醫學院院長與附設醫院院長共同署名函知其他共同作者之服務機構，「以為提醒」[35]。

2015年11月總統副總統競選期間，國民黨立委蔡正元、王育敏、前立委邱毅指控，陳建仁承認沒看過論文，既不知道內容是什麼，就掛名為作者，有抄襲與欺騙之嫌[36]。藍營名嘴黃智賢則質疑陳建仁掛名的論文出現抄襲這種醜事，竟然還高昇中研院副院長，是因為他懂得博得長官喜悅[37]。蔡英文表示，陳建仁的論文這件事情是因為論文的第一作者陳冠宇在處理註釋的疏忽，審查單位提出建議請他修改，經過嚴格的審查，刊登在《Cancer》這個國際知名非常權威的期刊，如果這個案子是涉嫌抄襲，這麼知名、權威的國際雜誌不會刊登[38]。

2003年抗SARS期間，陳建仁出任衛生署署長，穩住SARS疫情。在他獲邀為蔡英文搭檔參選副總統後，其抗SARS英雄頭銜被對手陣營質疑。國民黨籍立委吳育昇說抗SARS英雄是葉金川，不是陳建仁。國民黨立委蔡正元與名嘴黃智賢說，民進黨說陳建仁是抗SARS英雄，但陳建仁不是，因為行政院提報的抗SARS名單上沒有陳建仁[39]。在行政院公佈的抗SARS有功醫護人員的首波名單中，獎勵三類人員或機構，分為第一線不顧自身安危投入抗SARS人員、第一線堅守崗位抗SARS之護理人員、與抗SARS有功之醫療團隊等三類，首功人員有台大醫院感染科主任張上淳、中研院副研究員何美鄉、高雄榮總急診部主任顏幕庸、台北榮總副院長李建賢、慈濟大學教授葉金川、衛生署疾管局副局長許國雄、高雄醫學大學教授何啟功等人，陳建仁不在此第一線人員名單內。前衛生署長楊志良說抗SARS英雄很多，功勞不能統統歸在陳建仁身上，但陳建仁上任衛生署長把大局穩住很重要[40]。前衛生署長葉金川也表示，陳建仁肯定是抗SARS人物，沒有爭議[41]。2005年陳建仁獲總統科學獎及中央研究院副院長之簡介皆提及：陳建仁在2003年成功領導全國迅速遏止嚴重急性呼吸道癥候群（SARS）之流行[42] 。

在2015年12月26日的副總統選舉辯論會中，陳建仁失言引發國民黨陣營批評。一是提到基隆河整治是民進黨政績編列1500億，民進黨只用320億，但事實是基隆河整治有三階段，國民黨執政時完成兩個階段整治分別1046億和121.8億，民進黨在執政時用320億整治。二是說中二高編列5000億，民進黨只用2400億就蓋好，但實際是國民黨執政時北二高1997年就完工，應是指中二高續建。三指桃園大潭電廠原編列4000億，只用1000億就蓋好，事實是根本沒有4000億這數字，1997年核定大潭電廠經費是1227億。國民黨要求民進黨2天內提出證實文件，如果沒有要公開道歉。事後陳建仁表示引用網路錯誤資料「緊張口誤」，但始終不願鬆口表達道歉。民進黨在官方發布之辯論會文稿則主動修正錯誤資料，國民黨譏諷陳建仁辯論會上都是低頭看稿照唸，這樣也能辯稱口誤，陳說謊違反十誡慣犯，應該要跟天主懺悔或告解[43][44]，而民進黨修正官網辯論會文稿是欺騙行為。前行政院秘書長陳景峻則希望陳建仁當好輔佐角色，不必當辯士[45][46]。而他先前批評長照政策蓋老人院，把老人和家人隔開像痲瘋病患被隔離，將老人院比做痲瘋病院，引起了病患家屬與老人的批評，他事後為此失言道歉，並向長照機構的服務者與志工致上最高的敬意[47]。為避免再次失言，2016年1月4日的副總統政見會，陳建仁及相關幕僚定調改走「穩健保守」路線，以闡述政策為主，讓陳發揮所長，主打公衛醫療等相關議題。