湘南新宿線

近年以來，JR東日本在首都圈在來線的運輸量有下滑的傾向，一方向是因為少子、高齡化的社會變化，另一方向則是東急目黑線、東京地下鐵南北線、埼玉高速鐵道線、三田線開始相互直通運行連結成運輸網路，形成競爭的壓力，因此必須設立新的神奈川、東京、埼玉方向經由新宿直通的列車來面對競爭。

依照下表所示，由北關東（此處為栃木縣、群馬線）至東京都、神奈川線的旅客需求相當大，實施直通運轉可以對應此需求，同時也期望可藉此開拓新的客源。

各都縣間鐵道旅客流動狀況（2000年）

（單位：千人/年）

運輸省調查

原本在1985年的運輸政策審議会答申第7号中有計畫要延長埼京線至高崎線的宮原站，但僅完成至大宮站，最後以與電氣化後之川越線直通運行來替代，之後當時的大宮市與居民好幾次提出延長埼京線的意見，在JR設立以後，開始利用東北貨物線將宇都宮線、高崎線運行至池袋站，這之後發展成現在的湘南新宿線。

從JR東日本的經營面來看，包含湘南新宿線在內的南北直通運轉可以的到以下的好處：

1. 共同運用車輛可以減少所需要的車輛數
2. 透過車輛基地的共通使用，可以減少整備的費用
3. 位於都心區的車輛基地可以移轉至郊外，可增加再開發的可能性。

因此JR東日本在上野東京線完成後，計畫將廢除田町電車區，並整理品川車輛基地予以再開發。

來自宇都宮線及高崎線的列車至大宮站後轉入東北貨物線（線籍屬東北本線），至赤羽站前與經上野東京線的中距離列車行走的東北本線旅客線還有京濱東北線（線籍屬東北本線）並行，因為貨物站內未能設立月台，並沒有停靠旅客線列車有停車的埼玉新都心站。赤羽站到站後，於京濱東北線王子站附近，轉往尾久車輛中心方向（尾久站）方向的旅客線，沿著東京新幹線車輛中心與京濱東北線並行，在田端站（調車場）附近鑽過京濱東北線於西側分離。

自田端站（調車場）附近開始至大崎站為止行駛在山手貨物線（線籍為山手線）上，中里隧道通過之後、駒込站附近～大崎站間與山手線平行。此區間有月台的站為池袋站、新宿站、澀谷站、惠比壽站和大崎站。於池袋站與埼京線（赤羽站～池袋站間的正式路線名稱是赤羽線）合流，至大崎站與埼京線在同一線路上行駛，田端站並未停靠。現在停車站有池袋站、新宿站、澀谷站、惠比壽站(特快列車通過)及大崎站。

自大崎站出來後，相對於與埼京線相互直通運轉的東京臨海高速鐵道臨海線直接進入地下，湘南新宿線進入有大彎道稱之為「大崎支線（蛇窪線）」的一個短聯絡線，此線與橫須賀線列車行駛的品鶴線立體交叉後，在西大井站前的舊蛇窪信號場與品鶴線合流，但大崎支線其實仍然是「大崎站站場內」，並非正式的路線名，舊蛇窪信號場現在其實也是大崎站的一部份。

從舊蛇窪信號場至大船站（東海道線系統的列車是戶塚站）為止與橫須賀線列車同一路線行駛，此區間線籍上屬於東海道本線，到鶴見站為止與東海道旅客線合流的區間通稱品鶴線。此外，從新鶴見信號場到大船站的區間是1980年SM分離後橫須賀線列車的專用路線，一般在此為求簡便稱為橫須賀線（橫須賀線線籍上的區間是大船站～久里濱站）。舊蛇窪信號場～大船站間，由東京方向而來的橫須賀線列車停車站有西大井站、武藏小杉站、新川崎站、橫濱站、保土谷站、東戶塚站與戶塚站，湘南新宿線中東海道線～高崎線所有列車在西大井站、新川崎站、保土谷站、東戶塚站等4站為通過，而宇都宮線～橫須賀線（包含往大船）的普通列車則全站皆停。與東海道線直通的列車在戶塚站內南端的橫渡線上自橫須賀線轉線。

• 利用山手貨物線的旅客列車在1980年代前半以前多半僅限於不定期列車、臨時列車。

1959年9月起至1964年9月新宿站～日光站間運行不定期準急「中禪寺」。此外，在東北、上越新幹線開業以前，於歲末年終等探親交通尖峰季節，為了解決上野站發車列車不足的現象，東北本線、奧羽本線、上越線、信越本線方向的下行臨時列車中的一部份由品川站始發，經過山手貨物線～東北貨物線來運轉。由橫濱方向往日光方向的修學旅行列車（集約臨）等在品川站轉換方向經過山手貨物線、東北貨物線運轉。

• 1984年3月：東北貨物線的大宮站～赤羽站間旅客化，平日早上交通尖峰時段的東北本線（宇都宮線的稱呼是從1990年開始）、高崎線中距離列車之一部份運轉經過貨物線至赤羽站。
• 1985年9月30日：赤羽線的赤羽站～池袋站間作為埼京線開始運行。
• 1986年3月3日：前年開業的埼京線（大宮站～池袋站）往新宿站延長、山手貨物線的池袋站～新宿站間旅客化。
• 1988年3月13日：由池袋站發車的東北本線、高崎線中距離列車由東北貨物線經過山手貨物線列車整日每小時1班運轉開始。
• 1990年代：由高崎線、宇都宮線方向經過山手貨物線往橫須賀線、東海道線的直通臨時列車「假期快速」運行開始。
• 1991年3月19日：「成田特快」運行開始。往新宿、池袋列車自橫須賀線品川站開始經過品鶴線～山手貨物線運轉。
• 1995年12月1日：至池袋站為止的一部份宇都宮線、高崎線列車（主要為夜間）延長至新宿站發車，池袋站～新宿站間與埼京線同樣於山手貨物線上行駛。
• 1996年3月16日：埼京線往惠比壽站延伸，於山手貨物線新設置澀谷站與惠比壽站。
• 1998年3月14日：假期快速「」、「」運行開始。

「」是新宿站～平塚站、小田原站間、「」是新宿站～鎌倉站間、1日1往復以215系運轉，自新宿站開始，經過線路為山手貨物線～大崎支線～橫須賀線。「」是在橫濱站東海道線月台發車、往東京方向轉線。湘南新宿線開始後終止運行。

• 1998年12月8日：「成田特快」在池袋站發車列車的一部份經由東北貨物線改延長至大宮站發車。

• 2001年9月21日：發表由橫須賀線、東海道線經由新宿站往宇都宮線、高崎線直通的新路線，並決定將此一系統愛稱定為「湘南新宿線」。
• 2001年12月1日：隨著時刻表的調整開始運轉，一天中25往復，為了將來可以在增加班次，開始進行池袋站北側山手貨物線與埼京線的立體交叉工程。
• 2002年5月：因為池袋站北側山手貨物線與埼京線立體交叉工程的影響，在工程結束以前，山手貨物線大塚～池袋間靠近池袋的一部份區間為單線，當時的湘南新宿線時刻表便是以此工程而單線化的前提，因而影響時刻表的編成。
• 2002年12月1日：隨著東京臨海高速鐵道臨海線全線開通與大崎站的埼京線、臨海線用月台的開始使用，全列車於大崎站靠站，同時以傍晚→夜間為中心湘南新宿線增發（計38往復），為了防止誤乘，「湘南線」早上上行列車名改為「」、傍晚下行列車改為「」。
• 2004年6月6日：池袋站北側山手貨物線與埼京線立體交叉化工程完工，池袋站南側與埼京線的平面交差消除，因此湘南新宿線列車可以大幅增班。
• 2004年10月16日：時刻表調整
  • 湘南新宿線增發（38→64往復）以及全列車南北直通運轉開始，運轉時間帶擴大至全日。

    廢止新宿站折返列車及宇都宮線、高崎線之池袋站、新宿站折返列車，同時削減一部份東海道線、橫須賀線於東京站、橫濱站發車列車及宇都宮線、高崎線於上野站發車列車，移往湘南新宿線。這樣的調整使以靜岡車輛區113系8輛編成（4輛x2連）運轉的普通列車（於橫濱靜岡方向折返）消失。早上、夜間的增發時刻表有許多沿襲改正前宇都宮線、高崎線的池袋站、新宿站折返運轉列車。

  • 日間時段東海道線～高崎線系統列車中「特別快速」登場，在高崎線側停車站也包含替換高崎線於上野發車之日間快速列車「」，東海道線側則是為了確保東京發車電車中現況運轉列數6班（3班熱海發車普通電車、2班小田原發車普通電車、1本熱海發車快速），以追加東京發車列車的形式於湘南新宿線增發。
  • 大船發至大宮但未與宇都宮線直通的普通列車同一時間廢止。
  • 隨著特別快速的登場，一部高崎線內快速電車的快速運轉廢止。
  • 統一為全列車E231系連結綠色車廂2輛共15輛編成或10輛編成，一部份區間開始以120km/h運轉。
• 2004年12月31日起至2005年1月1日實施限期的終夜運轉，運行於高崎線～橫須賀線直通系統，大崎站～大船站間全區間各站停車，但從此以後並沒有再度實施，具有實驗的性質，之後的終夜運轉是在系統宇都宮線～橫須賀線系統運行普通列車。
• 2008年3月15日：時刻表調整[3]。在平日上午的時段於宇都宮線 - 橫須賀線系統增加1往復（64→65往復、週六與假日維持62往復）。
• 2009年3月14日：時刻表調整。夜間時段於高崎線 - 東海道線系統間增加1往復（平日65→66往復、週六與假日62→63往復）。如此一來無論平日或假日高崎線 - 東海道線系統均較宇都宮線 - 橫須賀線系統多1往復，此外假日中有7往復與平日1往復15輛化，假日中3往復中有57往復以15輛編成運行。
• 2010年3月13日：時刻表調整。西大井站 - 新川崎站間武藏小杉站開業，因此調整時刻表，湘南新宿線普通（宇都宮 - 横須賀系統）、快速・特別快速（高崎 - 東海道系統）全列車增停武藏小杉站。
• 2011年3月11日-4月3日：因為發生2011年日本東北地方太平洋近海地震，東京電力實施輪流停電因此全天停止運行。
• 2011年4月4日：自首班車開始重新運行。
• 2012年6月30日、7月1日：為了配合浦和站之高架化工程於東北貨物線上設置月台，南行路線移動位置。
• 2013年3月16日：JR東日本進行時刻表調整。东北货物線位於大宫至赤羽之間的浦和站第5、6號线启用，包括往返宇都宮與橫須賀之間的普通車，與高崎－東海道系統線的快速與特別快速列車在內，全列車皆增停浦和站。

湘南新宿線分為「宇都宮線－橫須賀線」及「高崎線－東海道線」兩個系統。兩個系統的班次大致以交替方式運行，大宮站－大船站段早上每小時運行6班，其他時段每小時運行約4班。日間新宿站的湘南新宿線發車時間固定為南行每小時00、15、30、45分，北行毎小時09、19、39、49分。所有班次均以E231系列車運行，所有列車均有兩輛雙層綠色車廂。

• 湘南新宿線普通（宇都宮線：普通、大宮－大船：普通、橫須賀線：普通）
  • 自2001年12月1日開設湘南新宿線時運行的類別。班次方面為日間每小時1班，繁忙時間每小時2至3班。列車運行區間基本為宇都宮站、小金井站－逗子站，部分班次南端以大船站為起終點站，平日早上另有1班自古河站開出的南行班次。列車在所有途經的路段均以普通列車類別運行。多數班次會以最長的15輛編組運行所有路段，但部分班次會於小金井站連結或分離5輛附屬編組，或以10輛編組運行所有路段。開設湘南新宿線時曾有來往宇都宮線終點黑磯站的班次，但自2004年3月13日修訂時間表後，宇都宮線宇都宮站以北路段被分割為另一個運行系統，因而取消所有來往黑磯站的安排。
• 湘南新宿線普通／湘南新宿線快速（宇都宮線：快速、大宮站 - 大船站間:普通、橫須賀線：普通）
  • 2004年10月16日增設，早上及日間每小時運行一班，運行區間為宇都宮站－大船站、逗子站。與普通班次最大的分別是在宇都宮線內為快速列車，而在其他路段維持普通列車的安排。這些新設的班次主要是將日間原以上野站為起終點站的快速「兔」號（）轉換為湘南新宿線的班次。雖然JR東日本官方網站的時間表均標示這些班次為快速列車，但一般車站及車廂內廣播只會在南行起點站至大宮、北行大崎站及以北才使用「湘南新宿線快速」類別。宇都宮線內換乘方面，南行班次在古河站可與往上野方向的普通列車相互轉乘，北行班次在久喜站可與自上野開出的普通列車相互轉乘（部分班次除外）。多數班次會以最長的15輛編組運行所有路段，但部分班次會於小金井站連結或分離5輛附屬編組，或以10輛編組運行所有路段。

• 湘南新宿線普通／湘南新宿線快速（高崎線：普通、大宮 - 大船間：快速、東海道線：普通）
  • 2001年12月1日湘南新宿線開始運行。每小時於平時在籠原站 - 平塚站（一部份國府津）間運行1列次（2012年現在之時刻表），於尖峰時間也有在 高崎站、國府津站、小田原站發車之列車，每小時運行2 - 3列次。晨間的南行與平日夜間北行也有經由上越線至兩毛線前橋站止運行之列車，平日晨間也有於深谷站發車1列。大崎站 - 戸塚站間與橫須賀線電車於同路線運行，因為沒有停靠橫須賀線的西大井站、新川崎站、保土谷站、東戶塚站，稱為「湘南 新宿線快速」，基本上是與高崎線普通列車、東海道線普通列車直通之普通列車，南行至大宮為止與戸塚站以西、北行大崎站以北的車內及車站內均稱為「湘南新宿線普通」。除了晨間北行1列次外，籠原站以南為15輛編成，於籠原站解結5輛於同站 - 高崎站、前橋站間為10輛編成（深谷發車為全區間15輛編成）。運行開始時於高崎線內仍有快速「」列車（高崎線內之停車站與現在的特別快速相同但往上野站），2004年10月16日廢止。
• 湘南新宿線特別快速（高崎線：特別快速、大宮站 - 大船站間：特別快速、東海道線：特別快速）
  • 2004年10月16日開始運行。平時每小時運行1列次（2012年現在之時刻表），高崎線內以平時上野站發車之快速「」於轉換為湘南新宿線之形式運行（但有停靠「」沒有停的北本站）。北行中1列於平塚發車，其他於高崎站、- 小田原站間運行。高崎線內除了一部份列車外，與上野站發車南行往桶川站、北行往鴻巣站之的普通列車接續，東海道線內與東京站發車南行往平塚站、北行往小田原站・國府津站・平塚站・大船站普通列車接續（一部列車除外）。 新宿站 - 小田原站間特別快速所需時間為74 - 78分，大約與小田急浪漫特快所需時間相同。平日中北行1列次、南行2列次及假日南行1列次除外，籠原站以南為15輛編成，於籠原站解結5輛於同站 - 高崎站間為10輛編成，有時假日或長期休假中之假日時刻表內，有2往復在小田原站 - 熱海站間延長運行，以一區間中途停車站只有真鶴站與湯河原站，此與2004年10月15日以前的快速「」一部份之停車站相同。

請參閱車站列表

湘南新宿線列車的列車編號是4位數字與1個英文組合而成（例：2100Y），由以下的規則決定：

• 千位數字

  表示運轉系統種類別。

  1: 湘南新宿線 普通（橫須賀線：普通～宇都宮線：普通）

  2: 湘南新宿線 快速（東海道線：普通～高崎線：普通）

  3: 湘南新宿線 特別快速（東海道線：特別快速～高崎線：特別快速）

  4: 湘南新宿線 普通（橫須賀線：普通～宇都宮線：快速）

• 百位數字、十位數字

  依據上述運轉系統，依發車時刻順序排列，南行（大船方向）由10開始、北行（大宮方向）60開始，但有一部份缺號。

• 個位數字

  全列車列車編號個位數皆為0。

• 尾數英文字

  表示進行方向。

  Y: 大船方向（東海道線方向、橫須賀線方向）

  E: 大宮方向（高崎線方向、宇都宮線方向）

跨年的徹夜運行

以首都圈為主的JR線於跨年時會實施徹夜運行，湘南新宿線是以往鎌倉市的鶴岡八幡宮之初詣（新年參拜）旅客為對象，運行宇都宮線 - 橫須賀線系統之普通列車。

事故發生時之影響

因為湘南新宿線是透過山手貨物線連結宇都宮線、高崎線及東海道線、橫須賀線進行大範圍的直通運轉，且山手貨物線與埼京線共用，因此各線及與埼京線直通運轉的臨海線、川越線一旦發生延遲事故，便會一口氣波及其他路線，因此當延遲發生時，甚至會造成全區間停止運轉，於籠原站、熊谷站、小金井站、小山站、大宮站、池袋站、新宿站、大崎站、大船站止折返運行，也有駛入品川站的情形，此外於大宮站以北、大船站以南、以西各路線中的可能待避車站中長時間等待直通之情形也有發生，因為大宮站、池袋站等到站月台只有一線，導致受前方列車影響，在站前長時間停車之狀況也會發生，此外，當橫須賀線延遲時高崎線 - 東海道線系統之列車在橫須賀線內各站臨時停車之狀況也有，又因為回復定時運行時埼京線與上野站・東京站發車系統優先回復[4]，湘南新宿線停駛、延遲有延長的傾向。

停駛中湘南新宿線的自由席綠色車廂券半途會無法使用，停駛時配合車內廣播指示轉乘（例如高崎站－平塚站間經由上野站、東京站轉乘時）還要收取另外的自由席綠色車廂券，就算是運輸障礙等狀況造成的停止運轉，除了湘南新宿線並行區間外，無法使用湘南新宿線的自由席綠色車廂券。

尖峰時所需時間

平日晨間尖峰時與户塚站 - 西大井站間同一路線行駛的橫須賀線普通列車行駛間隔太短，又沒有可供待避的設施，就算是快速（東海道線 - 高崎線系統）也與橫須賀線普通列車需要相同時間。例如户塚站7時56分發車往高崎至橫濱站要13分鐘，與戸塚站7時59分發車8時9分至橫濱的東海道線普通列車（往東京）行駛時間相同。

與埼京線間的比較

因為湘南新宿線經過池袋站 - 赤羽站間的山手貨物線、東北貨物線，理論上比同區間經由赤羽線的埼京線還要更長時間，但因赤羽站 - 大宮站間只停浦和站，與宇都宮、高崎線同一路線及在武藏浦和站等停車且距離長0.9km之埼京線相比，所需時間較短。但是利用大崎站 - 池袋站間的各站至大宮站的埼京線通勤快速時，所需時間沒有差異。

此外因為電車大環狀線、列車特定區間（池袋 - 赤羽間）及經路特定區間（赤羽 - 大宮間）等特例，運費上兩者都以池袋（赤羽線）赤羽（宇都宮線）大宮計算。

車內的自動廣播介紹是在車站發車後，以「湘南新宿線（直通路線名）直通」「（種別）」「（目的地）」的順序進行廣播。

在導入東京圈輸送管理系統(ATOS)的車站內之自動廣播，以同樣的順序進行介紹〈「在1號月台即將到達的是 湘南新宿線 直通東海道線 開往小田原的 特別快速列車。為了避免危險 請於黃色線後等候。」〉（以新宿站為例）。但是因為內容很繁瑣，也有車站省略介紹「湘南新宿線」與「直通路線名」。

隨著湘南新宿線的增發，車站內的介紹標示也產生變化。在剛開始運行時的介紹標示是「東海道線 橫濱、大船、小田原方向（湘南新宿線）」（以新宿站為例）等以直通方向為主，「湘南新宿線」的字樣為副，但是，最近山手線內各站（池袋站、新宿站、澀谷站等）及赤羽站的介紹是「湘南新宿線 橫濱、大船、小田原、逗子方向」，以「湘南新宿線」表示直通路線名省略，此外，剪票口附近的發車時刻介紹指示器有設置湘南新宿線專用的部分。

在車內的停車站介紹圖裡，小山車輛中心車輛標示為「湘南新宿線（宇都宮線系統、高崎線系統）、宇都宮線、高崎線」，國府津車輛中心車輛是「東海道線、伊東線、湘南新宿線（東海道線系統）、高崎線」。前者沒有東海道、橫須賀線東京口的標示線西端只到小田原為止，後者於高崎線上野口只有普通列車的標示線沒有「」與「通勤快速」的標示線。

一直以來在「東京近郊路線圖」裡與東海道線路線色是同色（橘色）的線，描繪的方式是以橘色的線由新川崎方向往橫濱方向延伸，與東京發車的橘色線合流，然後這個橘色線由大船往逗子方向延伸，這會讓人誤以為自東京方向開始的橘色線（東海道線）也與橫須賀線是直通，之後於2004年10月16日時刻表調整更新的「東京近郊路線圖」裡，湘南新宿線使用專用的線（紅色），與東京方向發車的東海道、橫須賀線及上野發車的高崎、宇都宮線並行描繪，這是為了在路線圖上與相鄰的線上顏色上方便區分所以使用紅色，湘南新宿線的公式路線色並非紅色，在車站內的搭乘簡介中是使用直通路線的顏色（橘色、藍色）。

經過新宿站之後，進入直通路線的北行列車在大宮站以北、南行列車在戶塚站以南，利用者已經不需要區分是湘南新宿線列車或東京、上野列車，所以在上述區間車站內的標示與列車目的地告示常常省略「湘南新宿線」。

在湘南新宿線運行開始以後，自宇都宮線、高崎線轉入的列車，在新宿、池袋、赤羽各站，北行列車標示中也有省略「湘南新宿線」的時候。

通過大宮～大船之後，在車站及車內的介紹與指示皆不再有「湘南新宿線」的字樣（例：北行的車內指示文字從赤羽出發後為「本電車、湘南新宿線 直通宇都宮（高崎）線。」，到達大宮後改為「此一電車、宇都宮（高崎）線。」）。另一方向，車外LED式行先表示器通常在全區間皆有「湘南新宿線 ○○線直通」的字樣。其他內容如以下描述：

1. 南行快速在戶塚～小田原區間、北行快速在大崎～前橋區間都是各站停車，通常會消去「快速」的標示，但是乘務員常常沒有消去「快速」，通常是與東京、上野方向來的普通列車切換同樣的標示（「東海道線」或「高崎線」⇔「○○（目的站名）」交互）。「特別快速」因為並非只有湘南新宿線，所以標示不會在途中消除。在快速方向，南行於宮原發車時還沒有標示「快速」，到達大宮前到於橫濱發車時會標示「快速」，到戶塚之前「快速」標示再消失。北行在橫濱發車前標示「快速」，到大崎前「快速」標示消失。這一部份與宇都宮線內快速運轉的普通同一時機切換（南行到達大宮前「快速」消失，北行大崎到達前標示「快速」）。
2. 南行普通自西大井開始「湘南新宿線 橫須賀線直通」的終點標示，多半會依乘務員的判斷只標示目的站名（「大船」或「逗子」）。「橫須賀線」並沒有載入E231系的行先表示器設定ROM中。
3. 由新宿方向而來由E231系運行的15輛編成與東京、千葉方向而來由E217系運行的15輛編成在綠色車廂的停車位置不同，因此西大井～鎌倉的各站下行月台，湘南新宿線列車月台時刻表文字色會改變做區別，月台上LED的列車介紹標示也會有所不同。有的湘南新宿線的列車會標示「10輛 4門」或「15輛 4門」。

別

但東急電鐵與京王電鐵等車內或車站標示的路線途中，只寫山手線與埼京線，湘南新宿線常被省略。（因為並非正式名稱）

• E231系

• 於2001年運轉開始時使用小山車輛中心（當時是小山電車區）所屬的E231系（當時國府津車輛中心尚未配置E231系）。於2004年10月16日的時刻表調整湘南新宿線全列車改以E231系運轉，全列車的4、5號車導入綠色車廂，同時最高速度提高至120km/h，縮短所需要的時間。
• 2006年9月開始，東海道線～高崎線直通列車由國府津車輛中心所屬車輛擔當行駛，宇都宮線～橫須賀線直通列車由小山車輛中心車輛擔當。至2006年7月，小山車輛中心所屬編成的一部份借給國府津車輛中心，因此可以在東海道線～高崎線看到小山所屬的車輛。
• 基本編成以10輛或基本編成+附屬編成（宇都宮、高崎方連結）15輛運用。附屬編成於高崎線籠原、宇都宮線小金井增解聯，但宇都宮線直通的大半列車沒有於小金井增解結而是直接至宇都宮皆15輛運轉。
• 當初運行開始時並沒有「湘南新宿線」這個愛稱，自2004年10月16日時刻表調整後統一為E231系，並開始使用「湘南新宿線」這個稱呼。
• 部分班次與E233系聯結運用，即E231（基本編成10輛）+E233（附屬編成5輛）或E233（基本編成10輛）+E231（附屬編成5輛），異車種聯結解禁（上野東京線部分班次亦如此）。

• E233系

• 於2015年3月14日的時刻表調整時（東京與上野間的上野東京線開通當日）投入運用，使用國府津車輛中心及小山車輛中心所屬的車輛運行。
• 運行時車頭與車側的LED方向幕字體顏色為橘色。
• 部分班次與E231系聯結運用，即E233（基本編成10輛）+E231（附屬編成5輛）或E231（基本編成10輛）+E233（附屬編成5輛），異車種聯結解禁（上野東京線部分班次亦如此）。

• 211系

• 新前橋電車區（現稱高崎車輛中心）所屬車輛（10輛編成/15輛編成）於東海道線～高崎線直通列車、橫須賀線～宇都宮線直通列車兩方均使用過，在2004年10月16日時刻表修訂全列車E231系化時撤退。運用時與E231系不同的是在車頭前方上部有「○○線直通」標示，使用字幕式的行先表示器後在快速等列車使用「新宿經由」的紅色文字標示於側面。
• 因為施工的關係，在大宮站～大船站間的直通運轉中止的時候，曾由田町電車區（現稱田町車輛中心）所屬211系電車於新宿站～東海道線區間運轉。

• 115系

宇都宮線～橫須賀線直通列車原使用小山電車區（現稱小山車輛中心）所屬車輛、在115系更換為E231系電車時，於2002年6月撤退，與211系同樣使用字幕式行先表示器，車頭前面上部有「○○線直通」側面有「新宿經由」標示。

• 215系/E217系

從2001年運行開始到2004年10月16日時刻表修正為止，使用於新宿站～橫須賀線（週六日東海道線亦是）折返列車。田町電車區（現稱田町車輛中心）所屬的215系是10輛編成、鎌倉總合車輛中心（現稱鎌倉車輛中心）所屬的E217系是11輛編成，亦有連結綠色車廂。車頭前面的種別表示器，215系是「普通」（橫須賀線系統）以及「快速」（限定週六日的東海道線系統）、E217系往橫須賀線行駛是「橫須賀線‐總武線」、往新宿行駛是「普通」。

• 113系

因工程等理由在大宮站～大船站間的直通運轉中止之時，曾以國府津電車區（現、國府津車輛中心）所屬的113系電車11輛編成於新宿站～東海道線運用，JR東海、靜岡車輛區所屬113系也以4輛編成（現T100編成）行駛至新宿，當時，東海所屬車輛因為沒有「新宿」的標示，與「國府津」車輛之間標示表示方式有差異。

• 由於湘南新宿線運行經過許多的路線區，因此容易因有關連之其他路線的時刻表混亂而受到影響，特別是因為橫須賀線運轉暫停時而連帶必須休息（其次是埼京線列車車庫所在之川越線的影響。請參見川越車輛中心）。同樣的湘南新宿線本身的混亂也容易影響其他線路，在延遲發生時直通運轉就必須變更終點站（改為到大宮、新宿、大崎、品川）甚至暫時停駛。此外也會發生的兩個線路之間透過湘南新宿線為媒介彼此影響造成運輸障礙的事件。（如橫須賀線發生人員事故影響川越線導致延遲）
• 在晨間尖峰時刻發生延遲時，與埼京線共線的山手貨物線內，因為線路容量之故，列車數多且無法轉移到其他線路的埼京線為優先，在車站或車站間（特別是赤羽站～池袋站～新宿站間）常常會臨時停車，對於通勤與通學利用者造成很大的風險。
• 尖峰時刻時，在與埼京線共用的山手貨物線內，池袋～新宿間的線路容量已經達到界限，已經沒有增班空間。同樣的開往大宮方向的運行列車數也相當少，這是由於路線的擁擠已經到了極限，而讓週五為主的埼京線臨時列車優先運行所導致。
• 在與山手線並行的池袋站～大崎站之間，在因10輛改至15輛編成而延伸月台之時，因為用地問題而選擇往橫濱方向延伸，結果從有靠橫濱方向月台的新宿站、澀谷站開始，其他站的樓梯都往靠大宮方向集中，導致靠大宮方向的混亂度很高，在與既有路線月台間的轉乘需要花上比較多的時間。
  • 在澀谷站，隨著東京地下鐵副都心線的開通東急東橫線的月台將移至地下，預計將高架月台用地轉移給埼京線與湘南新宿線，並於2020年6月1日完成。
• 此外，因為「因時間調整的停車很多」、「在新宿站乘務員必須換班」、「因池袋站南側配線的狀況，與埼京線的速度限制不同」等等理由，導致繁忙時間有些列車與山手線所需時間沒有分別，因此該時段做為山手線快速列車的利用價值便降低，但仍有不少乘客於池袋～新宿～涉谷～大崎短區間內利用。
• 在新宿站～澀谷站間，位於代代木站附近之青山街道平交道，因近年列車班次增加，形成難以通過的平交道，來自地方居民的抱怨也開始出現，高架立體交叉化又因周圍被中央線與首都高速道路4號新宿線包夾導致施作困難，平交道地下道化的案子又因地方居民的反對，至今無法解決。
• 在澀谷站以南，東海道線～高崎線系統列車與橫須賀線～宇都宮線系統列車之停車站，或者是東海道線快速「」以及湘南新宿線「快速」、湘南新宿線「特別快速」之停車站有許多不同，容易造成利用者的困擾，因此在戶塚、橫濱、大崎各站容易造成搭錯車種的問題，快速「」全列車於戶塚站追加停車後，狀況才有所改善。
• 因日間東海道線直通的「快速」運行至平塚站（1往復是國府津站），在此站後的特別快速通過站（大磯站、二宮站、鴨宮站）沒有直接乘車的機會，橫須賀線與宇都宮線在2004年10月時刻表調整後，運轉區間縮小為宇都宮以南、逗子以北。
• 在品鶴線與大崎支線合流的舊蛇窪信號場是屬於平面交叉，在湘南新宿線的北行列車通過時品鶴線（橫須賀線）的下行列車便無法通過，形成時刻表上的瓶頸，為了消除此一問題，便產生了品鶴線上行線與大崎站8號線直接連結之短連絡線的鋪設計畫。
• 由於經過大崎支線，在新川崎、西大井～大崎間實際行駛的距離有縮短，但是票價並沒有減少，JR東日本的理由是「這個路線（最短路線）是之前的貨物線，並非旅客線，所以旅客票價的計算是以經過品川來計算，目前沒有考慮變更票價。」，在橫濱～大崎間，其運費的計算是以比湘南新宿線原本行駛距離更短的東海道線來計算，沒有發生類似的問題。
• 在橫濱站，因在東海道線直通快速列車在橫須賀線的月台發車，常常發生因搭錯而趕著上下車的情形，因此站員必須在湘南新宿線入站時，反覆廣播提醒乘客沒有停東戶塚站、保土谷站、新川崎站、西大井站。
• 一般乘客之間與報導等等常會把名稱搞錯為「」、「」，也有省略為「」「」的錯誤。
• 平日深夜往大船方向開行的列車，在新宿發車後由21時59分到22時24分，有將近半小時左右的運轉間隔。
• 由於同時有10輛與15輛兩種運轉編成，因此必須去注意停車的位置，此外，在橫須賀線的停車站裡，湘南新宿線與橫須賀線的車輛在附屬編成的組合方式不同（請參照這裡），特別是要搭乘綠色車廂時的停車位置不同。
• 同屬南北直通運轉的上野東京線亦於東海道本線至宇都宮線及高崎線直通運行。如此一來，高崎線及東海道線的直通中距離電車會有相同終點站但分别經過東京站或新宿站2種類，較容易發生因趕著上下車而搭錯車的情形。