日本貨物鐵道

从旧日本國鐵改制到JR集团的时候，虽然客运依地理劃分为6个公司，货运部分却继承日本全国整体规模继续营业，由國鐵的貨物局改制成為JR货物。但是和北海道旅客鐵道（JR北海道）、四國旅客鐵道（JR四國）、九州旅客鐵道（JR九州）一样，经营基底比较薄弱，所以成为政府机关的独立行政法人鐵道建設運輸施設整備支援機構國鐵清算事業本部（成立当初称为日本國有鐵道清算事業團）持有所有股票的特殊公司、股份公司形态的特殊法人，直到现在没有计划股票上市。

设立当初，JR货物本身作为「第一種鐵道事業者」，将持有的路线控制在最小范围之内。一部分的货物专用路线虽然是JR货物所有，两端有客运路线连接的货物线、有计划客运化的路线和已经决定的废止的路线，都属于管辖该区域的客运铁道公司所有。因此，JR货物列车运行的大部分线路都是铁路设施所有的客运铁道公司的路线，一部分的从JR路线路转为「第三部門鐵道」路线的「第二種鐵道事業者」所有，因此需要向那些公司支付「线路使用费」运行货车。但是，支付给客运铁道公司的线路使用费根据「防止重复成本」原则规定。另外，随着整備新幹線的開通，「並行在来线」区间转换為第三部門铁道，因此无法避免使用费的上升，经常引起问题。

货运列车的运行基本上使用本公司的乘务员和机车，但是根据路线的不同，有时也用客运公司的乘务员和机车。另外，反过来JR货物的乘务员和机车运行旅客列车（用JR货物的机关车牵引客运公司的客车）的情况，在以前还很多；但是到现在，因為客運列車已逐漸由機車牽引車廂改為電聯車或柴聯車，所以除了少数的夜行卧铺列车以外，只有一部份的臨時列車或者車輛故障時的救援才使用。

另外，由于高速公路大型货车和機場建设转为空中运输增加的影响，貨物輸送量年年减少。但是近年来对環境负荷小的「模式转移」的政策倾向，略有增加。JR货物在货物列车的增发、提速、IT-FRENS&TRACE系统導入、貨物站E&S方式改良、M250系貨運動車組的運行等硬件软件方面都开展拓展业务。另外，2006年3月与中國遠洋運輸（COSCO）合作，提出「比飞机便宜，比集装箱船快速」的概念，开展国际一条龙运输「SEA & RAIL服务」，走向国际市场。

随着近年的模式转移，JR货物的作用可以说非常重要。特别是用铁道将1公噸货物运输1km时，二氧化碳排放量大约是普通作业用卡车的八分之一。

• 1987年（昭和62年）
  • 4月1日：國鐵分割民營化，日本貨物鐵道成立[1]。JR貨物集團共有25間企業。
  • 9月10日：旅行代理店「F TOURIST」（エフ・ツーリスト）開業[1]。
  • 10月1日：開始運輸30呎貨櫃。
• 1988年（昭和63年）
  • 3月1日：成立JRF LEASE（ジェイアールエフ・リース，現在的JRF商事）。
  • 3月13日：改點。津輕海峽線開業。
  • 4月10日：本四備讚線（瀨戶大橋線）開業[1]。
  • 8月4日：成立JRF PATROL（ジェイアールエフ・パトロールズ）。
  • 10月1日：新增來往福岡貨物總站與札幌貨物總站間的「日本海縱貫Liner」（日本海縦貫ライナー）。出資北海道鐵道荷物（現在的北海道JR物流）。
• 1989年（平成元年）
  • 3月11日：改點。
  • 3月23日：蘆別站（三井蘆別鐵道）、赤平站的石炭輸送業務結束。JR貨物廢止國產炭運輸業務。
  • 4月16日：來往東京貨物總站與橫濱本牧站（神奈川臨海鐵道）的海上貨櫃專用列車開始運行。
• 1990年（平成2年）
  • 2月21日：成立中國FREIGHT SERVICE（中国フレートサービス，現在的JR貨物·山陽LOGISTICS）。
  • 3月10日：改點，新增26輛（1300噸）編組的貨櫃列車。整備秋田貨物站與新潟貨物總站。
• 1991年（平成3年）
  • 3月16日：改點。
• 1992年（平成4年）
  • 3月3日：開始輸送油罐車的駝背運輸業務。
  • 3月14日：改點。
  • 7月1日：EF200形電力機車開始營運[1]。
  • 11月26日：成立敦賀總站。
• 1993年（平成5年）
  • 3月10日：DF200形柴油機車開始營運[1]。
  • 3月18日：改點。
  • 4月19日：制定服務商標「JRF」。
  • 10月29日：成立OLS（オー・エル・エス）[1]。
• 1994年（平成6年）
  • 11月10日：成立山陽FREIGHT SERVICE（現在的JR貨物·山陽LOGISTICS）。
  • 12月3日：改點。
  • 12月9日：成立JRF ENGINEERING（ジェイアールエフ・エンジニアリング）。
  • 12月21日：成立JR貨物·不動產開發（ジェイアール貨物・不動産開発）。
• 1995年（平成7年）
  • 2月14日：成立東北FREIGHT SERVICE（現在的JR貨物·東北LOGISTICS）。
  • 3月6日：開始運用汽車貨櫃的汽車運輸業務[1]。
  • 10月6日：CLEAN川崎號（クリーンかわさき号）開始運行。
• 1996年（平成8年）
  • 3月16日：改點[1]。新增使用タキ1000形的高速石油輸送列車，開始由卡車執行部分區間貨櫃運輸的自動車代行站制度。
  • 4月3日：成立JRF HOTEL（ジェイアールエフ・ホテル）。
  • 12月25日：成立國際鐵道系統（国際鉄道システム）。
• 1997年（平成9年）
  • 3月22日：改點。貨運業務減少，飯田町站休止。
  • 12月5日：EF210形電力機車開始營業。
• 1998年（平成10年）
  • 2月1日：「田端METS飯店」開幕[1]。
  • 7月6日：成立JR貨物研究中心（ジェイアール貨物・リサーチセンター）。
  • 10月3日：改點[1]。
• 1999年（平成11年）
  • 5月31日：本社大樓移往飯田町站舊址。
  • 7月16日：改點。
• 2000年（平成12年）
  • 3月11日：改點。
  • 3月31日：結束駝背運輸。
  • 10月10日：第一座線外貨運站羽生線外貨運站開業。
  • 12月2日：改點，貨物列車開始行駛武藏野線東部與京葉線[1]。
• 2002年（平成14年）
  • 3月23日：改點，北九州貨物中心站開業。
• 2003年（平成15年）
  • 10月1日：改點。
  • 12月1日：神戶貨物中心站開業。
• 2004年（平成16年）
  • 3月13日：改點，鹿兒島貨物中心站開業。M250系電聯車「SUPER RAIL CARGO」（スーパーレールカーゴ）開始營運。
• 2005年（平成17年）
  • 3月1日：改點。
• 2006年（平成18年）
  • 3月18日：改點，鳥栖貨物中心站開業。
  • 11月15日：「TOYOTA LONGPASS EXPRESS」開始營運。
• 2007年（平成19年）
  • 3月18日：改點。
• 2008年（平成20年）
  • 3月：引入使用GPS的司機支援系統。
  • 3月15日：改點。
  • 3月27日：與國鐵工會（國勞）的紛爭達成和解。
• 2009年（平成21年）
  • 3月14日：改點。
  • 11月：鐵道貨櫃運輸50周年紀念。
• 2011年（平成23年）
  • 2月14日：本社從飯田橋移至千駄谷。
  • 3月12日：改點。全國8站更名（釧路貨物站、帯廣貨物站、苫小牧貨物站、函館貨物站、仙台貨物總站、田端信號場站、新小岩信號場站、京都貨物站）。
• 2012年（平成24年）
  • 3月17日：改點。結束與岳南鐵道（現岳南電車）的紙運輸業務，ワム80000形式結束營運。
• 2013年（平成25年）
  • 3月16日：改點。吹田貨物總站開業。百濟站更名為百濟貨物總站。
  • 4月1日：廢止梅田站。
• 2014年（平成26年）
  • 3月15日：改點。
• 2016年（平成28年）
  • 3月16日：子公司日本FREIGHT LINER與JR貨物·INTERNATIONAL合併。
  • 4月1日：子公司JR貨物·山陽LOGISTICS與JR貨物·關西LOGISTICS合併，改稱JR貨物·西日本LOGISTICS。

因為要以全國規模運行貨物列車，主要所有的車輛為貨物輸送用的鐵路機車、貨車及電聯車。 M250系是JR貨物唯一一款專為貨運而設的電聯車，也是全球少數的貨運電聯車。

有別於傳統使用蓬車裝載貨物，JR貨物使用較一般海運貨櫃（20呎及40呎）較小的自有規格12呎集装箱裝載貨物，因此可做到戶對戶運輸而不用重新裝卸貨物。

吹田機關區

• 鷲別機關區（鷲）
• 五稜郭機關區（五）
• 仙台總合鐵道部（仙貨）
• 東新潟機關區（東新）
• 高崎機關區（髙）[6]
• 大井機關區（大井/貨東タミキク）
• 新鶴見機關區（新）
• 新鶴見機關區川崎派出（鶴）
• 塩尻機關區篠ノ井派出（塩）
• 愛知機關區（愛）
• 富山機關區（富機）
• 吹田機關區（吹）
• 岡山機關區（岡）
• 廣島車輛所（廣）
• 幡生機關區厚狹派出（厚）
• 門司機關區（門）

※括號（）內標示的是所属機關區的略號。

• 苗穗車輛所（JR北海道苗穗工場構內）
• 鷲別機關區輪西派出
• 郡山車輛所（JR東日本郡山總合車輛中心構內）
• 大宮車輛所（JR東日本大宮總合車輛中心構內）
• 川崎車輛所
• 名古屋車輛所（JR東海名古屋工場構內）
• 廣島車輛所
• 小倉車輛所（JR九州小倉工場構內）

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